类 | 说明 |
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BEDGenotypes |
PLINK-BED 缓存基因型管理类
有关 BED 编码的细节详见: https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#bed
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BEDPartWriter |
PLINK-BED 文件分部写入器, 写入 BED 文件
该方法与 GTBPartWriter 对应, 用于并行地创建 BED 文件
参考: https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#bed
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BEDReader |
PLINK-BED 文件读取器, 读取 BED 文件, 并返回 Variant 对象
input 文件关联到排除扩展名的文件名,即需要有三个文件: input.bed, input.fam, input.bim
fam 文件是表型文件, 它是无标题行的以空格作为分隔符的文本文件, 包含 6 个强制列:
1.
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BEDWriter |
PLINK-BED 文件写入器, 写入 BED 文件
参考: https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#bed
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SeekableBEDReader |
可索引和可快速搜索的 BED 读取器
使用 CCF 转存坐标文件 bim 为 ind, 并基于 ind 实现快速跳转
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