edu.sysu.pmglab.gbc.annotation

类 GTBAnnotator

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator

public class GTBAnnotator
extends GTBEditor

GTB 文件注释器 在这个方法中要求输入文件与输出文件不是同一个文件, 它采样 "额外注释" 策略分离两个文件, 适用于将基因型与注释数据分离的形式 此外, 在该方法中, 变异位点应该为二等位基因形式

另请参阅:

Database

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

AVAILABLE_PROCESSORS, INIT_THREADS

方法概要

限定符和类型	方法和说明
GTBAnnotator	addDatabase(Database... databases) 添加注释数据库 添加一个注释数据库则默认将它的显式元信息添加到本类中
GTBAnnotator	addDatabase(java.lang.Iterable<Database> databases) 添加注释数据库 添加一个注释数据库则默认将它的显式元信息添加到本类中
GTBAnnotator	addField(java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType> fields) 添加字段或更改字段值类型
GTBAnnotator	addField(java.lang.String fieldName) 添加筛选字段
GTBAnnotator	addField(java.lang.String fieldName, edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType fieldType) 添加字段或更改字段值类型
GTBAnnotator	addFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> fieldNames) 添加筛选字段
GTBAnnotator	addFields(java.lang.String... fieldNames) 添加筛选字段
GTBAnnotator	addValueConverter(java.util.function.Consumer<Variant> valueConverter) 添加值转换器
GTBAnnotator	loadFields(boolean loadFields) 设置加载的列字段
GTBAnnotator	loadFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> loadFields) 设置加载的列字段
GTBAnnotator	loadFields(java.lang.String[] loadFields) 设置加载的列字段
static GTBAnnotator	of(java.lang.Object managerObject) 构造器方法, 使用新建文件模式
static GTBAnnotator	of(java.lang.Object managerObject, java.io.File outputFile) 构造器方法
GTBAnnotator	selectSubjects(int[] subjectIndexes) 筛选储存的子样本
GTBAnnotator	selectSubjects(java.lang.Iterable<?> subjectIndexes) 筛选储存的子样本
GTBAnnotator	selectSubjects(java.lang.String[] subjects) 筛选储存的子样本
GTBAnnotator	storeOriginPointer(java.lang.String fieldName) 储存原始坐标字段
GTBManager	submit() 注释数据, 并返回结果
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

addMeta, addMeta, addMeta, addVariantFilter, clearFields, clearMeta, dropDuplicationMeta, getManager, getOutputFile, loadGenotype, renameField, renameFields, renameSubject, renameSubjects, renameSubjects, setFormat, setOutputFile, setThreads

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addThreads, getThreads, reduceThreads, verify

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

方法详细资料

of

public static GTBAnnotator of(java.lang.Object managerObject)

构造器方法, 使用新建文件模式

参数:

managerObject - 管理器对象

返回:

GTB 注释器

of

public static GTBAnnotator of(java.lang.Object managerObject,
                              java.io.File outputFile)

构造器方法

参数:

managerObject - 管理器对象

outputFile - 输出文件对象

返回:

GTB 注释器

storeOriginPointer

public GTBAnnotator storeOriginPointer(java.lang.String fieldName)

储存原始坐标字段

参数:

fieldName - 字段名 (例如为 POINTER, 它用于建立输入与输出之间的关联)

返回:

本类

loadFields

public GTBAnnotator loadFields(boolean loadFields)

设置加载的列字段

参数:

loadFields - 指定加载的列字段

返回:

本类

loadFields

public GTBAnnotator loadFields(java.lang.String[] loadFields)

设置加载的列字段

参数:

loadFields - 指定加载的列字段

返回:

本类

loadFields

public GTBAnnotator loadFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> loadFields)

设置加载的列字段

参数:

loadFields - 是否加载基因型

返回:

本类

addField

public GTBAnnotator addField(java.lang.String fieldName,
                             edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType fieldType)

添加字段或更改字段值类型

参数:

fieldName - 字段名

fieldType - 字段类型

返回:

本类

addField

public GTBAnnotator addField(java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType> fields)

添加字段或更改字段值类型

参数:

fields - 字段名及其类型

返回:

本类

addField

public GTBAnnotator addField(java.lang.String fieldName)

添加筛选字段

覆盖:

addField 在类中 GTBEditor

参数:

fieldName - 字段名

返回:

本类

addFields

public GTBAnnotator addFields(java.lang.String... fieldNames)

添加筛选字段

覆盖:

addFields 在类中 GTBEditor

参数:

fieldNames - 字段名

返回:

本类

addFields

public GTBAnnotator addFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> fieldNames)

添加筛选字段

覆盖:

addFields 在类中 GTBEditor

参数:

fieldNames - 字段名

返回:

本类

addValueConverter

public GTBAnnotator addValueConverter(java.util.function.Consumer<Variant> valueConverter)

添加值转换器

参数:

valueConverter - 值转换器

返回:

本类

selectSubjects

public GTBAnnotator selectSubjects(java.lang.String[] subjects)

筛选储存的子样本

参数:

subjects - 子样本序列

返回:

本类

selectSubjects

public GTBAnnotator selectSubjects(int[] subjectIndexes)

筛选储存的子样本

参数:

subjectIndexes - 子样本索引

返回:

本类

selectSubjects

public GTBAnnotator selectSubjects(java.lang.Iterable<?> subjectIndexes)

筛选储存的子样本

参数:

subjectIndexes - 子样本索引

返回:

本类

addDatabase

public GTBAnnotator addDatabase(java.lang.Iterable<Database> databases)

添加注释数据库

添加一个注释数据库则默认将它的显式元信息添加到本类中

参数:

databases - 数据库

返回:

本类

addDatabase

public GTBAnnotator addDatabase(Database... databases)

添加注释数据库

添加一个注释数据库则默认将它的显式元信息添加到本类中

参数:

databases - 数据库

返回:

本类

submit

public GTBManager submit()
                  throws java.io.IOException

注释数据, 并返回结果

指定者:

submit 在类中 GTBEditor

返回:

注释后的数据类

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object