edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.regBase

类 RegBase

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.regBase.RegBase

所有已实现的接口:

java.io.Closeable, java.lang.AutoCloseable

public class RegBase
extends java.lang.Object
implements java.lang.AutoCloseable, java.io.Closeable

regBase 查询器

方法概要

限定符和类型	方法和说明
void	close() 关闭数据库
static RegBase	load(java.lang.Object fileObj) 获取 regBase 查询器
Variant	query(Chromosome chromosome, int position, edu.sysu.pmglab.container.ByteCode refAllele, edu.sysu.pmglab.container.ByteCode altAllele) 通过指定坐标查询数据库字段
boolean	query(Variant variant) 通过指定坐标查询数据库字段
void	reset() 重置数据库指针

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

方法详细资料

load

public static RegBase load(java.lang.Object fileObj)
                    throws java.io.IOException

获取 regBase 查询器

参数:

fileObj - 文件对象

返回:

regBase 查询器

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

query

public Variant query(Chromosome chromosome,
                     int position,
                     edu.sysu.pmglab.container.ByteCode refAllele,
                     edu.sysu.pmglab.container.ByteCode altAllele)

通过指定坐标查询数据库字段

参数:

chromosome - 染色体

position - 坐标值

refAllele - 参考等位基因

altAllele - 替代等位基因

返回:

符合指定坐标的数据库字段信息, 当信息不存时, 返回 null

query

public boolean query(Variant variant)

通过指定坐标查询数据库字段

参数:

variant - 待注释的变异位点

返回:

符合指定坐标的数据库字段信息, 当信息不存时, 返回 false

reset

public void reset()

重置数据库指针

close

public void close()
           throws java.io.IOException

关闭数据库

指定者:

close 在接口中 java.io.Closeable

指定者:

close 在接口中 java.lang.AutoCloseable

抛出:

java.io.IOException - IO 异常