edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype

类 GenotypeADController

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController

所有已实现的接口:

IGenotypeController, java.util.function.BiFunction<edu.sysu.pmglab.container.ByteCode,Genotype,java.lang.Boolean>

public class GenotypeADController
extends java.lang.Object
implements IGenotypeController

基因型质控器实现 —— AD Genotype Allele Depth

字段概要

字段

限定符和类型	字段和说明
static float	HETEROZYGOUS_DEFAULT 当基因型为杂合子时, 其包含的等位基因测得的个数比例不应低于该阈值 (0.0 时不启用该方法)
static float	HETEROZYGOUS_DISABLE
static float	HETEROZYGOUS_MAX
static float	HETEROZYGOUS_MIN
static float	HOMOZYGOUS_ALT_DEFAULT 当基因型为纯合子时, 其他的等位基因测得的个数比例不应超过该阈值 (1.0 时不启用该方法)
static float	HOMOZYGOUS_ALT_DISABLE
static float	HOMOZYGOUS_ALT_MAX
static float	HOMOZYGOUS_ALT_MIN
static float	HOMOZYGOUS_REF_DEFAULT 当基因型为纯合子时, 其他的等位基因测得的个数比例不应超过该阈值 (1.0 时不启用该方法)
static float	HOMOZYGOUS_REF_DISABLE
static float	HOMOZYGOUS_REF_MAX
static float	HOMOZYGOUS_REF_MIN
static edu.sysu.pmglab.container.ByteCode	KEYWORD AD 字符

构造器概要

构造器

构造器和说明
GenotypeADController() 构造器方法
GenotypeADController(int dpMethod, float homozygousRefMethod, float homozygousAltMethod, float heterozygousMethod) 构造器方法

方法概要

限定符和类型	方法和说明
java.lang.Boolean	apply(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode ad, Genotype genotype)
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode	getKeyWord() 获取关键字
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 java.util.function.BiFunction

andThen

字段详细资料

KEYWORD

public static final edu.sysu.pmglab.container.ByteCode KEYWORD

AD 字符

HOMOZYGOUS_REF_DEFAULT

public static final float HOMOZYGOUS_REF_DEFAULT

当基因型为纯合子时, 其他的等位基因测得的个数比例不应超过该阈值 (1.0 时不启用该方法)

另请参阅:

常量字段值

HOMOZYGOUS_REF_MIN

public static final float HOMOZYGOUS_REF_MIN

另请参阅:

常量字段值

HOMOZYGOUS_REF_MAX

public static final float HOMOZYGOUS_REF_MAX

另请参阅:

常量字段值

HOMOZYGOUS_REF_DISABLE

public static final float HOMOZYGOUS_REF_DISABLE

另请参阅:

常量字段值

HOMOZYGOUS_ALT_DEFAULT

public static final float HOMOZYGOUS_ALT_DEFAULT

当基因型为纯合子时, 其他的等位基因测得的个数比例不应超过该阈值 (1.0 时不启用该方法)

另请参阅:

常量字段值

HOMOZYGOUS_ALT_MIN

public static final float HOMOZYGOUS_ALT_MIN

另请参阅:

常量字段值

HOMOZYGOUS_ALT_MAX

public static final float HOMOZYGOUS_ALT_MAX

另请参阅:

常量字段值

HOMOZYGOUS_ALT_DISABLE

public static final float HOMOZYGOUS_ALT_DISABLE

另请参阅:

常量字段值

HETEROZYGOUS_DEFAULT

public static final float HETEROZYGOUS_DEFAULT

当基因型为杂合子时, 其包含的等位基因测得的个数比例不应低于该阈值 (0.0 时不启用该方法)

另请参阅:

常量字段值

HETEROZYGOUS_MIN

public static final float HETEROZYGOUS_MIN

另请参阅:

常量字段值

HETEROZYGOUS_MAX

public static final float HETEROZYGOUS_MAX

另请参阅:

常量字段值

HETEROZYGOUS_DISABLE

public static final float HETEROZYGOUS_DISABLE

另请参阅:

常量字段值

构造器详细资料

GenotypeADController

public GenotypeADController()

构造器方法

GenotypeADController

public GenotypeADController(int dpMethod,
                            float homozygousRefMethod,
                            float homozygousAltMethod,
                            float heterozygousMethod)

构造器方法

参数:

dpMethod - DP 过滤阈值

homozygousRefMethod - 对于参考本纯合基因型的校正阈值

homozygousAltMethod - 对于替代纯合子基因型的校正阈值

heterozygousMethod - 对于杂合子基因型的校正阈值

方法详细资料

getKeyWord

public edu.sysu.pmglab.container.ByteCode getKeyWord()

从接口复制的说明: IGenotypeController

获取关键字

指定者:

getKeyWord 在接口中 IGenotypeController

返回:

关键字

apply

public java.lang.Boolean apply(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode ad,
                               Genotype genotype)

指定者:

apply 在接口中 java.util.function.BiFunction<edu.sysu.pmglab.container.ByteCode,Genotype,java.lang.Boolean>

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object