edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit

类 GTBSorter

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBSorter

public class GTBSorter
extends GTBEditor

GTB 文件按照坐标排序 FIXME: 优化分配到每个染色体的工作量, 提高速度

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

AVAILABLE_PROCESSORS, INIT_THREADS

方法概要

限定符和类型	方法和说明
boolean	isOrdered() 判断 GTB 文件管理器对象是否有序, 建议用户选择此参数判断后再确认是否排序
static GTBSorter	of(java.lang.Object manager) 构造器方法
static GTBSorter	of(java.lang.Object manager, java.io.File outputFile) 构造器方法
GTBSorter	storeOriginPointer(java.lang.String fieldName) 储存原始坐标字段
GTBManager	submit() 对管理器进行排序 排序算法原理:
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

addField, addFields, addFields, addMeta, addMeta, addMeta, addVariantFilter, clearFields, clearMeta, dropDuplicationMeta, getManager, getOutputFile, loadGenotype, renameField, renameFields, renameSubject, renameSubjects, renameSubjects, setFormat, setOutputFile, setThreads

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addThreads, getThreads, reduceThreads, verify

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

方法详细资料

of

public static GTBSorter of(java.lang.Object manager)

构造器方法

参数:

manager - 文件管理器

返回:

本类

of

public static GTBSorter of(java.lang.Object manager,
                           java.io.File outputFile)

构造器方法

参数:

manager - 文件管理器

outputFile - 输出文件对象

返回:

本类

isOrdered

public boolean isOrdered()
                  throws java.io.IOException

判断 GTB 文件管理器对象是否有序, 建议用户选择此参数判断后再确认是否排序

返回:

文件对象是否有序

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

storeOriginPointer

public GTBSorter storeOriginPointer(java.lang.String fieldName)

储存原始坐标字段

参数:

fieldName - 字段名 (例如为 POINTER, 它用于建立输入与输出之间的关联)

返回:

本类

submit

public GTBManager submit()
                  throws java.io.IOException

对管理器进行排序 排序算法原理:

指定者:

submit 在类中 GTBEditor

返回:

排序后的文件对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object