public class BEDGenotypes extends java.lang.Object implements IGenotypes
基因型对象
,
基因型对应的等位基因含义由 Variant 类定义
,
BEDReader
构造器和说明 |
---|
BEDGenotypes(IGenotypes genotypes)
构造器方法, 将基因型对象编码为 BED 的基因型编码对象
|
BEDGenotypes(int genotypeNum,
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encodedSequence)
构造器方法, 从指定的编码流解析基因型
|
限定符和类型 | 方法和说明 |
---|---|
IGenotypes |
asModifiable()
转为可变的基因型序列类型
|
IGenotypes |
asUnmodifiable()
转为不可变的基因型序列类型
|
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode |
encode()
基因型编码方法
|
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode |
encodeToBED() |
int |
getAC()
获取等位基因计数 (allele count)
非 .
|
int |
getAN()
获取等位基因总数 (allele number)
非 .
|
Genotype |
getGenotype(int genotypeIndex)
获取基因型
|
int |
getGenotypeNum()
获取基因型总数
|
boolean |
isModifiable()
当前基因型序列类型是否可修改的
|
boolean |
isPhased()
基因型是否有向
|
IGenotypes |
setGenotype(int genotypeIndex,
Genotype genotype)
设置基因型
|
IGenotypes |
toBiallelic(int refAlleleIndex,
int altAlleleIndex)
转为二等位基因位点
指定的 refAlleleIndex 作为 0, altAlleleIndex 作为 1, 包含了其他值的基因型会被替换为 ./.
|
java.lang.String |
toString() |
clear, format, format, getAC, getAF, getAF, getGenotypeCounts, getLeftGenotype, getLeftGenotypes, getMissingGenotypeNum, getRightGenotype, getRightGenotypes, isMissingGenotype, iterator, load, load, load, subGenotypes, subGenotypes, toPhased, toPhased, toUnPhased
public BEDGenotypes(IGenotypes genotypes)
genotypes
- 基因型对象public BEDGenotypes(int genotypeNum, edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encodedSequence)
genotypeNum
- 基因型个数encodedSequence
- 基因型编码流public boolean isPhased()
isPhased
在接口中 IGenotypes
public int getGenotypeNum()
getGenotypeNum
在接口中 IGenotypes
public int getAC()
IGenotypes
getAC
在接口中 IGenotypes
public int getAN()
IGenotypes
getAN
在接口中 IGenotypes
public Genotype getGenotype(int genotypeIndex)
getGenotype
在接口中 IGenotypes
genotypeIndex
- 基因型索引public IGenotypes setGenotype(int genotypeIndex, Genotype genotype)
setGenotype
在接口中 IGenotypes
genotypeIndex
- 基因型索引genotype
- 基因型public IGenotypes toBiallelic(int refAlleleIndex, int altAlleleIndex)
IGenotypes
toBiallelic
在接口中 IGenotypes
refAlleleIndex
- 设置参考基因型的索引altAlleleIndex
- 设置替代基因型的索引public edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encode()
IGenotypes
encode
在接口中 IGenotypes
public edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encodeToBED()
public IGenotypes asUnmodifiable()
IGenotypes
asUnmodifiable
在接口中 IGenotypes
public IGenotypes asModifiable()
IGenotypes
asModifiable
在接口中 IGenotypes
public boolean isModifiable()
IGenotypes
isModifiable
在接口中 IGenotypes
public java.lang.String toString()
toString
在类中 java.lang.Object