edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed

类 BEDWriter

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDWriter

所有已实现的接口:

java.io.Closeable, java.lang.AutoCloseable

public class BEDWriter
extends java.lang.Object
implements java.io.Closeable, java.lang.AutoCloseable

PLINK-BED 文件写入器, 写入 BED 文件

参考: https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#bed

构造器概要

构造器

构造器和说明
BEDWriter(java.lang.String fileName) 构造器方法

方法概要

限定符和类型	方法和说明
void	close() 关闭文件流
static void	generateFam(Individual[] individuals, java.lang.String fileName) 生成 fam 文件
static void	generateFam(java.lang.String[] individualNames, java.lang.String fileName) 生成 fam 文件
BEDWriter	write(Variant variant) 写入一个位点

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

构造器详细资料

BEDWriter

public BEDWriter(java.lang.String fileName)
          throws java.io.IOException

构造器方法

参数:

fileName - 输出文件路径，不包含 .bed 和 .bim 扩展名

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

方法详细资料

write

public BEDWriter write(Variant variant)
                throws java.io.IOException

写入一个位点

参数:

variant - 变异位点

返回:

变异位点对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

generateFam

public static void generateFam(java.lang.String[] individualNames,
                               java.lang.String fileName)
                        throws java.io.IOException

生成 fam 文件

参数:

individualNames - 个体名

fileName - 输出文件路径, 不包含 .fam 扩展名，且必须为本地路径

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

generateFam

public static void generateFam(Individual[] individuals,
                               java.lang.String fileName)
                        throws java.io.IOException

生成 fam 文件

参数:

individuals - 个体名

fileName - 输出文件路径, 不包含 .fam 扩展名，且必须为本地路径

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

close

public void close()
           throws java.io.IOException

关闭文件流

指定者:

close 在接口中 java.io.Closeable

指定者:

close 在接口中 java.lang.AutoCloseable

抛出:

java.io.IOException