从其他文件格式构建SDF存档

目前SV主要的记录和存储格式为VCF文件，因此在 SDFA 中不提供直接由其他文件格式构建SDF存档的命令行工具。但是基于广泛的SV文件兼容性和后续开发的SV分析工具，SDFA 提供了一个 API 已构建 SDF 存档。

SDFWriter 构建 SDF 存档

SDFWriter是一个专门用于通过构造SDFWriterRecord直接构建 SDF 的类，其本质就是获得记录-设置记录-写入记录-重置记录-结束记录的过程。所以用户需要思考如何将一个输入的文件格式转为一条SDFWriterRecord记录。

下面我们给出一个SDFWriter的使用实例：

[!NOTE|label:Example 1]

SDFWriterRecord的本质是一个SV记录，因此我们需要构建一个SV记录并手动写入文件中。

public static void main(String[] args) throws IOException, InterruptedException {
        String[] names = new String[1000];
        for (int i = 0; i < 1000; i++) {
            names[i] = String.valueOf(i);
        }
        SDFWriter writer1 = SDFWriter.SDFWriterBuild.of(new File("/Users/wenjiepeng/Desktop/tmp/yg/1.sdf"))
                .addFormat("GT")
                .addFormat("AD")
                .addInfoKeys("PRECISE", "READS_SUPPORT")
                .addIndividuals(names)
                .build();
        SDFWriter.SDFWriterRecord item = writer1.getTemplateSV();
        item.setInfo("PRECISE", "true")
                .setInfo("READS_SUPPORT", "3")
                .setAlt(new Bytes("ACGAGGGCCCCAA"))
                .setChrName("chr1")
                .setType(SVTypeSign.getByName("DEL"))
                .setID(new Bytes("ID_0"))
                .setRef(new Bytes("ACGAGGGCCCCAA"))
                .setPos(1000)
                .setEnd(2000)
                .setLength(1000)
                .setQuality(new Bytes("."))
                .setFilter(new Bytes("PASS"));
        for (int i = 0; i < 1000; i++) {
            item.addInitFormatAttrs(i, "1/1;3,2");
        }
        writer1.write(item);
        writer1.write(item.setPos(999));
        writer1.write(item.setPos(1001));
        writer1.close();
    }

上述实例主要构建 SV 并写入 SDF 文件中，因此对于一个任意格式的输入文件，用户可以通过line -> SV的形式来进行文件转化。

API文档

具体可以查看SDFWriter类已构建SDF存档