public class LiftOver
extends java.lang.Object
限定符和类型 | 类和说明 |
---|---|
static class |
LiftOver.Chain
描述链的映射信息
格式参考: ...
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构造器和说明 |
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LiftOver(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<LiftOver.Chain> chains)
构造器方法
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限定符和类型 | 方法和说明 |
---|---|
edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,java.lang.Integer> |
convertCoordinate(Chromosome chromosome,
int position)
转换坐标, 返回正链结果的映射值
当结果为 null 时表示没有定义转换关系
当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录
|
edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,java.lang.Integer> |
convertCoordinate(Chromosome chromosome,
int position,
PositionType positionType)
转换坐标, 返回正链结果的映射值
当结果为 null 时表示没有定义转换关系
当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录
|
Variant |
convertCoordinate(Variant variant)
转换坐标, 返回正链结果的映射值
当结果为 null 时表示没有定义转换关系
当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录
|
edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer>> |
convertInterval(Chromosome chromosome,
edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> positions)
转换坐标, 返回正链结果的映射值
当结果为 null 时表示没有定义转换关系
当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录
|
edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer>> |
convertInterval(Chromosome chromosome,
edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> positions,
PositionType positionType)
转换坐标, 返回正链结果的映射值
当结果为 null 时表示没有定义转换关系, 或转换后的区间长度与原先不匹配
当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录
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static LiftOver |
load(java.lang.Object fileObj)
获取版本转换器
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static LiftOver |
load(RefGenomeVersion fromRefGenomeVersion,
RefGenomeVersion toRefGenomeVersion)
从 UCSC 网站下载坐标转换 chain 文件
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static LiftOver |
load(RefGenomeVersion fromRefGenomeVersion,
RefGenomeVersion toRefGenomeVersion,
edu.sysu.pmglab.container.File outputFile)
从 UCSC 网站下载坐标转换 chain 文件
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static java.util.Map<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.intervaltree.IntervalTree<java.util.Map.Entry<java.lang.Integer,LiftOver.Chain>,java.lang.Integer>> |
loadChains(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<LiftOver.Chain> chains)
将链信息转为区间树, 用于全局搜索
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java.lang.String |
toString() |
public static final LiftOver EMPTY
public LiftOver(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<LiftOver.Chain> chains)
chains
- 链public static LiftOver load(java.lang.Object fileObj) throws java.io.IOException
fileObj
- 文件对象, 文件对象为空或不符合的输入格式时返回 EMPTY 搜索树java.io.IOException
- IO 异常识别为路径名
,
识别为路径对象
,
返回类本身
public static LiftOver load(RefGenomeVersion fromRefGenomeVersion, RefGenomeVersion toRefGenomeVersion) throws java.io.IOException
fromRefGenomeVersion
- 源参考基因组版本toRefGenomeVersion
- 目标参考基因组版本java.io.IOException
- IO 异常public static LiftOver load(RefGenomeVersion fromRefGenomeVersion, RefGenomeVersion toRefGenomeVersion, edu.sysu.pmglab.container.File outputFile) throws java.io.IOException
fromRefGenomeVersion
- 源参考基因组版本toRefGenomeVersion
- 目标参考基因组版本outputFile
- 输出到指定文件java.io.IOException
- IO 异常public static java.util.Map<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.intervaltree.IntervalTree<java.util.Map.Entry<java.lang.Integer,LiftOver.Chain>,java.lang.Integer>> loadChains(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<LiftOver.Chain> chains)
chains
- 链public Variant convertCoordinate(Variant variant)
variant
- 转换的位点, 使用 1-based 坐标系统public edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,java.lang.Integer> convertCoordinate(Chromosome chromosome, int position)
chromosome
- 染色体position
- 坐标, 正链 (0-based)public edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,java.lang.Integer> convertCoordinate(Chromosome chromosome, int position, PositionType positionType)
chromosome
- 染色体position
- 坐标, 正链positionType
- 坐标系统类型 (0-based or 1-based)public edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer>> convertInterval(Chromosome chromosome, edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> positions, PositionType positionType)
chromosome
- 染色体positions
- 坐标区间positionType
- 坐标系统类型public edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer>> convertInterval(Chromosome chromosome, edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> positions)
chromosome
- 染色体positions
- 坐标区间public java.lang.String toString()
toString
在类中 java.lang.Object