edu.sysu.pmglab.ccf

类 CCFExporter

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.ccf.CCFExporter

所有已实现的接口:

edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

public class CCFExporter
extends java.lang.Object
implements edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

CCF 导出器

字段概要

从接口继承的字段 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

AVAILABLE_PROCESSORS, INIT_THREADS, MIN_THREADS

方法概要

限定符和类型	方法和说明
CCFExporter	addComparator(java.util.Comparator<IRecord> comparator, java.lang.Iterable<java.lang.String> indexerKeys) 添加 CCF 文件的排序列名及其比对器
CCFExporter	addField(java.lang.String fieldName, FieldType fieldType) 添加字段
CCFExporter	addField(java.lang.String fieldName, FieldType fieldType, java.util.function.Consumer<IRecord> valueConverter) 添加字段
CCFExporter	addFieldFilter(CCFFilter filter) 设置记录过滤条件
CCFExporter	addFieldFilter(FieldFilter filter) 设置记录过滤条件
CCFExporter	addMeta(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode key, edu.sysu.pmglab.container.ByteCode value) 添加 meta 字段
CCFExporter	addMeta(CCFMeta meta) 添加 meta 字段
CCFExporter	addMeta(java.lang.String key, java.lang.String value) 添加 meta 字段
CCFExporter	addRecordFilter(java.util.function.Function<IRecord,java.lang.Boolean> recordFilter) 设置记录过滤条件
CCFExporter	clearMeta() 清除 meta 字段
CCFExporter	dropDuplicationMeta() 清除 meta 重复字段
int	getThreads()
CCFExporter	renameFields(java.util.Map<java.lang.String,java.lang.String> fields) 重设字段名
CCFExporter	setOutputFields(java.util.Set<java.lang.String> fields) 设置输出文件的字段
CCFExporter	setOutputFormat(CCFFormat format) 设置输出文件的字段
CCFExporter	setRecordIndexRange(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long> recordRange) 设置记录索引范围
CCFExporter	setThreads(int nThreads)
CCFTable	submit() 提交编辑信息
CCFTable	submit(edu.sysu.pmglab.container.File outputFile) 提交编辑信息
java.lang.String	toString()
boolean	toTSV(edu.sysu.pmglab.container.File outputFile, java.util.Map<java.lang.String,java.util.function.Function<java.lang.Object,byte[]>> fields) TSV 格式导出器, 此时不导出基因型数据

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addThreads, reduceThreads, verify

方法详细资料

setOutputFields

public CCFExporter setOutputFields(java.util.Set<java.lang.String> fields)

设置输出文件的字段

参数:

fields - 筛选输出字段 (fields 使用原列名)

返回:

本类

setOutputFormat

public CCFExporter setOutputFormat(CCFFormat format)

设置输出文件的字段

参数:

format - 筛选输出字段

返回:

本类

clearMeta

public CCFExporter clearMeta()

清除 meta 字段

返回:

本类

dropDuplicationMeta

public CCFExporter dropDuplicationMeta()

清除 meta 重复字段

返回:

本类

addMeta

public CCFExporter addMeta(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode key,
                           edu.sysu.pmglab.container.ByteCode value)

添加 meta 字段

参数:

key - 字段键

value - 字段值

返回:

本类

addMeta

public CCFExporter addMeta(java.lang.String key,
                           java.lang.String value)

添加 meta 字段

参数:

key - 字段键

value - 字段值

返回:

本类

addMeta

public CCFExporter addMeta(CCFMeta meta)

添加 meta 字段

参数:

meta - meta 字段

返回:

本类

renameFields

public CCFExporter renameFields(java.util.Map<java.lang.String,java.lang.String> fields)

重设字段名

参数:

fields - 字段名映射

返回:

本类

addField

public CCFExporter addField(java.lang.String fieldName,
                            FieldType fieldType)

添加字段

参数:

fieldName - 的字段名

fieldType - 的字段的类型

返回:

本类

addField

public CCFExporter addField(java.lang.String fieldName,
                            FieldType fieldType,
                            java.util.function.Consumer<IRecord> valueConverter)

添加字段

参数:

fieldName - 的字段名

fieldType - 的字段的类型

valueConverter - 字段映射函数

返回:

本类

setRecordIndexRange

public CCFExporter setRecordIndexRange(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long> recordRange)

设置记录索引范围

参数:

recordRange - 记录索引范围

返回:

本类

addFieldFilter

public CCFExporter addFieldFilter(CCFFilter filter)

设置记录过滤条件

参数:

filter - 记录过滤条件

返回:

本类

addFieldFilter

public CCFExporter addFieldFilter(FieldFilter filter)

设置记录过滤条件

参数:

filter - 记录过滤条件

返回:

本类

addRecordFilter

public CCFExporter addRecordFilter(java.util.function.Function<IRecord,java.lang.Boolean> recordFilter)

设置记录过滤条件

参数:

recordFilter - 记录过滤条件

返回:

本类

addComparator

public CCFExporter addComparator(java.util.Comparator<IRecord> comparator,
                                 java.lang.Iterable<java.lang.String> indexerKeys)

添加 CCF 文件的排序列名及其比对器

参数:

comparator - 比对器

indexerKeys - 比对器对应的列信息 (列字段是重命名后的索引键)

返回:

本类

setThreads

public CCFExporter setThreads(int nThreads)

指定者:

setThreads 在接口中 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

getThreads

public int getThreads()

指定者:

getThreads 在接口中 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

submit

public CCFTable submit()
                throws java.io.IOException

提交编辑信息

返回:

编辑后的 CCF 管理器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

submit

public CCFTable submit(edu.sysu.pmglab.container.File outputFile)
                throws java.io.IOException

提交编辑信息

参数:

outputFile - 输出文件对象

返回:

编辑后的 CCF 管理器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

toTSV

public boolean toTSV(edu.sysu.pmglab.container.File outputFile,
                     java.util.Map<java.lang.String,java.util.function.Function<java.lang.Object,byte[]>> fields)
              throws java.io.IOException

TSV 格式导出器, 此时不导出基因型数据

参数:

outputFile - 输出文件

fields - 导出字段信息, 可选 (使用重命名前字段名)

返回:

文件对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object