- add(ByteCode, ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBMeta
-
- add(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBMeta
-
- add(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants
-
添加新位点
- addAll(Iterable<Variant>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants
-
添加新位点
- addAlleles(ByteCode...) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
添加可选等位基因信息
- addAlleles(String...) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
添加可选等位基因信息
- addAlleles(Iterable<ByteCode>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
添加可选等位基因信息
- addAnnotateField(String, FieldType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database
-
添加元信息, 字段名、字段属性、缺失值
- addAnnotateField(String, FieldType, Function<Variant, Object>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database
-
添加元信息, 字段名、字段属性、缺失值
- addAnnotateFields(Map<String, FieldType>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database
-
添加元信息, 字段名、字段属性、缺失值
- addBlock(int[]) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver.Chain
-
设置比对块
- addChromosome(Chromosome) - 类 中的静态方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Chromosome
-
添加染色体数据
- addDatabase(Iterable<Database>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
添加注释数据库
添加一个注释数据库则默认将它的显式元信息添加到本类中
- addDatabase(Database...) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
添加注释数据库
添加一个注释数据库则默认将它的显式元信息添加到本类中
- addDatabase(Iterable<Database>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAppendAnnotator
-
添加注释数据库
添加一个注释数据库则默认将它的显式元信息添加到本类中
- addDatabase(Database...) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAppendAnnotator
-
添加注释数据库
添加一个注释数据库则默认将它的显式元信息添加到本类中
- addField(String, FieldType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
添加字段或更改字段值类型
- addField(Map<String, FieldType>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
添加字段或更改字段值类型
- addField(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
添加筛选字段
- addField(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.AnnotateField
-
添加字段
- addField(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.AnnotateField
-
添加字段
- addField(String, FieldType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder
-
添加其他字段
- addField(String, FieldType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
添加字段或更改字段值类型
- addField(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
添加筛选字段
- addField(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
添加筛选字段
- addField(String, FieldType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
添加字段或更改字段值类型
- addField(Map<String, FieldType>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
添加字段或更改字段值类型
- addField(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
添加筛选字段
- addField(String, FieldType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
-
添加字段或更改字段值类型
- addField(Map<String, FieldType>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
-
添加字段或更改字段值类型
- addField(String, FieldType) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
添加额外的字段
- addFieldFormatter(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter
-
添加输出的列字段
- addFieldFormatter(String, Function<Variant, ByteCode>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter
-
添加输出的列字段
- addFieldFormatters(String...) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter
-
添加输出的列字段
- addFieldFormatters(Iterable<String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter
-
添加输出的列字段
- addFieldFormatters(Map<String, Function<Variant, ByteCode>>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.TSVExporter
-
添加输出的列字段
- addFields(String...) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
添加筛选字段
- addFields(Iterable<String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
添加筛选字段
- addFields(Map<String, String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.AnnotateField
-
添加字段
- addFields(Map<String, FieldType>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder
-
添加其他字段
- addFields(Map<String, FieldType>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
添加字段或更改字段值类型
- addFields(String[]) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
添加筛选字段
- addFields(Iterable<String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
添加筛选字段
- addFields(String...) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
添加筛选字段
- addFields(Iterable<String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
添加筛选字段
- addFields(String...) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
添加筛选字段
- addFields(Iterable<String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
添加筛选字段
- addFields(Map<String, FieldType>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
添加额外的字段
- addFilter(GTBFilter) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFilter
-
添加过滤器
- addGenotypeFilter(IGenotypeController) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
按照 VCF 记录的基因型格式进行过滤, 它对每一个样本都有效
- addManager(Object) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
添加待合并的管理器对象
- addManager(Object, boolean, boolean, boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
添加待合并的管理器对象
- addManagers(Iterable<?>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
添加多个待合并的管理器对象
- addManagers(Iterable<?>, boolean, boolean, boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
添加待合并的管理器对象
- addMeta(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database
-
添加元信息
- addMeta(CCFMeta) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database
-
添加元信息
- addMeta(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVar
-
- addMeta(CCFMeta) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVar
-
- addMeta(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVarDatabase
-
- addMeta(CCFMeta) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.clinvar.ClinVarDatabase
-
- addMeta(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbnsfp.dbNSFPRankScore
-
- addMeta(CCFMeta) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbnsfp.dbNSFPRankScore
-
- addMeta(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbnsfp.dbNSFPRankScoreDatabase
-
- addMeta(CCFMeta) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbnsfp.dbNSFPRankScoreDatabase
-
- addMeta(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.MAF2GTB
-
从外部直接注入元信息
- addMeta(ByteCode, ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.MAF2GTB
-
从外部直接注入元信息
- addMeta(GTBMeta) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.MAF2GTB
-
从外部直接注入元信息
- addMeta(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
写入元信息
- addMeta(ByteCode, ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
写入元信息
- addMeta(CCFMeta) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
写入元信息
- addMeta(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
写入元信息
- addMeta(ByteCode, ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
写入元信息
- addMeta(CCFMeta) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
写入元信息
- addMeta(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
写入元信息
- addMeta(ByteCode, ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
写入元信息
- addMeta(CCFMeta) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
写入元信息
- addMeta(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
-
写入元信息
- addMeta(ByteCode, ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
-
写入元信息
- addMeta(CCFMeta) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
-
写入元信息
- addMeta(String, String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
从外部直接注入元信息
- addMeta(ByteCode, ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
从外部直接注入元信息
- addMeta(CCFMeta) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
从外部直接注入元信息
- addSubject(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder
-
添加样本
- addSubject(String) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
添加样本
- addSubjects(String[]) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder
-
设置样本序列
- addSubjects(Iterable<String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.GTBWriter.Builder
-
添加样本序列
- addSubjects(String[]) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
设置样本序列
- addSubjects(Iterable<String>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
添加样本序列
- addValueConverter(Consumer<Variant>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAnnotator
-
添加值转换器
- addValueConverter(Consumer<Variant>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
添加值转换器
- addValueConverter(Consumer<Variant>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBExporter
-
添加值转换器
- addValueConverter(BiConsumer<Entry<Variant, Variant>, Variant>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBMerger
-
添加值转换器
转换器的第一个参数为坐标和等位基因匹配成功的一组位点 (分别为第一个文件的位点和第二个文件的位点), 第二个参数为合并后的位点
- addValueConverter(BiConsumer<Map<String, ByteCode>, Variant>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
添加字段转换器
- addValueConverters(BaseArray<Consumer<Variant>>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
添加多个值转换器
- addVariantFilter(GTBFilter) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.LDCalculator
-
设置位点过滤器
- addVariantFilter(GTBFilter) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBConcat
-
设置位点过滤器
- addVariantFilter(GTBFilter) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor
-
设置位点过滤器
- addVariantFilter(Function<Variant, Boolean>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
位点过滤器
在数据填充进 Variant 之后, 进行完整的过滤
- addVariantListener(Consumer<Variant>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
位点监听器
在数据填充进 Variant 之后, 根据更复杂的列元之间的相互规则重新赋予数据或监听数值
- addVCFFieldFilter(String, Function<ByteCode, Boolean>) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.VCF2GTB
-
按照 VCF 记录进行过滤, 它在一条记录读取之前执行过滤
- alleleField - 类 中的静态变量edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFormat
-
等位基因字段
- alleleOfIndex(int) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variant
-
- annotate(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateDatabase.Reader
-
- annotate(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase.Reader
-
- annotate(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase.ReaderWithOverlapInterval
-
- annotate(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFMapperDatabase.Reader
-
- annotate(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database.Reader
-
注释指定位点
- annotate(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase.Reader
-
- annotate - 类 中的变量edu.sysu.pmglab.gbc.command.GBCEntry
-
- AnnotateField - edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl中的类
-
注释字段配置类
- AnnotateField(Iterable<String>) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.AnnotateField
-
构造器方法
- AnnotateField(String...) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.AnnotateField
-
构造器方法
- AnnotateField(Map<String, String>) - 类 的构造器edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.AnnotateField
-
构造器方法
- appendWith(Object, boolean) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender
-
连接具有相同行的数据表对象
请注意, 该方法不会检查公共键的关系, 使用此方法时请务必保证行顺序一致
- apply(ByteCode, Genotype) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeADController
-
- apply(ByteCode, Genotype) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeDPController
-
- apply(ByteCode, Genotype) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypeGQController
-
- apply(ByteCode, Genotype) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypePLController
-
- apply(ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantFieldController
-
- apply(ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantFSController
-
- apply(ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.info.VariantMQController
-
- apply(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant.VariantACController
-
- apply(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant.VariantAFController
-
- apply(Variant) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.variant.VariantANController
-
- apply(ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.VariantAlleleNumController
-
- apply(ByteCode) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.VariantPhredQualityScoreController
-
- asModifiable() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes
-
- asModifiable() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.CacheGenotypes
-
- asModifiable() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes
-
- asModifiable() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
-
转为可变的基因型序列类型
- asUnmodifiable() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes
-
- asUnmodifiable() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.CacheGenotypes
-
- asUnmodifiable() - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes
-
- asUnmodifiable() - 接口 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes
-
转为不可变的基因型序列类型
- autoMeta(RefGenomeVersion) - 类 中的方法edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.VCFExporter
-
根据人类参考基因组版本自动设置 reference 和 contig-meta 信息
请注意, 非人类参考基因组只能使用 unknown