public class Chromosome extends java.lang.Object implements java.lang.Comparable<Chromosome>
构造器和说明 |
---|
Chromosome(java.lang.String simpleName,
java.lang.String fullName,
java.lang.String... otherNames)
构造器方法
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限定符和类型 | 方法和说明 |
---|---|
static Chromosome |
addChromosome(Chromosome chromosome)
添加染色体数据
|
static int |
chromosomeSorter(Chromosome chromosome1,
Chromosome chromosome2)
染色体排序器
|
static void |
clear()
清除加载的染色体数据
|
int |
compareTo(Chromosome o) |
static edu.sysu.pmglab.ccf.CCFTable |
convertTSV2CCF(edu.sysu.pmglab.container.File inputFile,
edu.sysu.pmglab.container.File outputFile)
将 tsv 文件转为 ccf 文件, 文件中的额外字段被转换为 bytecode 对象
|
boolean |
equals(java.lang.Object o) |
static Chromosome |
get(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode chromosome)
获取染色体
|
static Chromosome |
get(int index)
获取染色体
|
static Chromosome |
get(java.lang.String chromosome)
获取染色体
|
edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<java.lang.String> |
getAlternativeNames()
获得其他的替代名列表
|
int |
getChromosomeIndex() |
java.lang.String |
getFullName() |
java.lang.Object |
getProperty(java.lang.String key)
获取染色体的指定属性值
|
java.lang.String |
getSimpleName() |
int |
hashCode() |
static java.util.Set<Chromosome> |
identifiableList() |
static void |
init()
初始化染色体信息 (恢复为人类基因组)
|
static edu.sysu.pmglab.container.IndexableSet<Chromosome> |
iterator() |
static void |
loadFromCCF(java.lang.Object inputFile)
从 ccf 文件中加载染色体信息
|
static void |
save(edu.sysu.pmglab.container.File outputFile)
保存为 CCF 格式
|
Chromosome |
setProperty(java.lang.String key,
java.lang.Object value)
设置染色体属性值
|
java.lang.String |
toString() |
public Chromosome(java.lang.String simpleName, java.lang.String fullName, java.lang.String... otherNames)
simpleName
- 精简染色体名fullName
- 完整染色体名otherNames
- 其他链接到同一染色体对象的识别名public static Chromosome get(int index)
index
- 染色体索引public static Chromosome get(java.lang.String chromosome)
chromosome
- 染色体名public static Chromosome get(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode chromosome)
chromosome
- 染色体名public Chromosome setProperty(java.lang.String key, java.lang.Object value)
key
- 属性键value
- 属性值public java.lang.Object getProperty(java.lang.String key)
key
- 属性键public static void clear()
public static void save(edu.sysu.pmglab.container.File outputFile) throws java.io.IOException
outputFile
- 输出文件对象java.io.IOException
- IO 异常public static edu.sysu.pmglab.ccf.CCFTable convertTSV2CCF(edu.sysu.pmglab.container.File inputFile, edu.sysu.pmglab.container.File outputFile) throws java.io.IOException
inputFile
- 输入文件对象outputFile
- 输出文件对象java.io.IOException
- IO 异常public static void loadFromCCF(java.lang.Object inputFile) throws java.io.IOException
inputFile
- 输入文件对象java.io.IOException
- 来自 CCF 的 IO 异常public static void init()
public static Chromosome addChromosome(Chromosome chromosome)
chromosome
- 染色体对象public int getChromosomeIndex()
public java.lang.String getFullName()
public java.lang.String getSimpleName()
public edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<java.lang.String> getAlternativeNames()
public java.lang.String toString()
toString
在类中 java.lang.Object
public int hashCode()
hashCode
在类中 java.lang.Object
public boolean equals(java.lang.Object o)
equals
在类中 java.lang.Object
public int compareTo(Chromosome o)
compareTo
在接口中 java.lang.Comparable<Chromosome>
public static edu.sysu.pmglab.container.IndexableSet<Chromosome> iterator()
public static java.util.Set<Chromosome> identifiableList()
public static int chromosomeSorter(Chromosome chromosome1, Chromosome chromosome2)
chromosome1
- 染色体 1chromosome2
- 染色体 2