edu.sysu.pmglab.gbc.variant

枚举 PositionType

java.lang.Object

java.lang.Enum<PositionType>

edu.sysu.pmglab.gbc.variant.PositionType

所有已实现的接口:

java.io.Serializable, java.lang.Comparable<PositionType>

public enum PositionType
extends java.lang.Enum<PositionType>

坐标系统类型, 0-based 或 1-based 参考: https://www.biostars.org/p/84686/

枚举常量概要

枚举常量

枚举常量和说明
ONE_BASED 从 1 开始, interval 是 [begin, end] 类型 例如: VCF, GFF, SAM, Ensembl, dbNSFP
ZERO_BASED 从 0 开始, interval 是 [begin, end) 类型 例如: BED, BAM, UCSC

方法概要

限定符和类型	方法和说明
static PositionType	of(java.lang.String format) 获取坐标系统类型, 通常情况下都是 1-based 坐标系, 与 VCF 文件一致
static PositionType	valueOf(java.lang.String name) 返回带有指定名称的该类型的枚举常量。
static PositionType[]	values() 按照声明该枚举类型的常量的顺序, 返回 包含这些常量的数组。

从类继承的方法 java.lang.Enum

compareTo, equals, getDeclaringClass, hashCode, name, ordinal, toString, valueOf

从类继承的方法 java.lang.Object

getClass, notify, notifyAll, wait, wait, wait

枚举常量详细资料

ZERO_BASED

public static final PositionType ZERO_BASED

从 0 开始, interval 是 [begin, end) 类型 例如: BED, BAM, UCSC

ONE_BASED

public static final PositionType ONE_BASED

从 1 开始, interval 是 [begin, end] 类型 例如: VCF, GFF, SAM, Ensembl, dbNSFP

方法详细资料

values

public static PositionType[] values()

按照声明该枚举类型的常量的顺序, 返回 包含这些常量的数组。该方法可用于迭代 常量, 如下所示:

for (PositionType c : PositionType.values())
    System.out.println(c);

返回:

按照声明该枚举类型的常量的顺序返回的包含这些常量的数组

valueOf

public static PositionType valueOf(java.lang.String name)

返回带有指定名称的该类型的枚举常量。 字符串必须与用于声明该类型的枚举常量的 标识符完全匹配。(不允许有多余 的空格字符。)

参数:

name - 要返回的枚举常量的名称。

返回:

返回带有指定名称的枚举常量

抛出:

java.lang.IllegalArgumentException - 如果该枚举类型没有带有指定名称的常量

java.lang.NullPointerException - 如果参数为空值

of

public static PositionType of(java.lang.String format)

获取坐标系统类型, 通常情况下都是 1-based 坐标系, 与 VCF 文件一致

参数:

format - 文件格式

返回:

文件格式对应的坐标系统类型