public abstract class CacheGenotypes extends java.lang.Object implements IGenotypes
CacheGenotypes 用于改进 GTBReader 的性能, 但是我们要求基因型无法被改变, 以避免潜在的线程安全问题
基因型对象
,
编码类型
,
枚举字节编码
,
Phased 最简字节编码
,
UnPhased 最简字节编码
,
单字节编码
,
双字节编码
限定符和类型 | 方法和说明 |
---|---|
IGenotypes |
asModifiable()
转为可变的基因型序列类型
|
IGenotypes |
asUnmodifiable()
转为不可变的基因型序列类型
|
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode |
encode()
编码基因型序列
cacheGenotypes 可以快速返回编码结果
|
boolean |
equals(java.lang.Object obj) |
int |
getAC()
获取等位基因计数 (allele count)
在这里指所有非 0 和 非 .
|
int |
getAN()
获取等位基因总数 (allele number)
在这里指所有非 .
|
abstract Genotype |
getGenotype(int genotypeIndex)
获取基因型
|
int |
getGenotypeNum()
获取基因型总数
|
boolean |
isModifiable()
当前基因型序列类型是否可修改的
|
boolean |
isPhased()
基因型是否有向
|
IGenotypes |
subGenotypes(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<java.lang.Integer> indexes)
获取子基因型序列
|
IGenotypes |
subGenotypes(int[] indexes)
获取子基因型序列
|
java.lang.String |
toString() |
clear, format, format, getAC, getAF, getAF, getGenotypeCounts, getLeftGenotype, getLeftGenotypes, getMissingGenotypeNum, getRightGenotype, getRightGenotypes, isMissingGenotype, iterator, load, load, load, setGenotype, toBiallelic, toPhased, toPhased, toUnPhased
public boolean isPhased()
isPhased
在接口中 IGenotypes
public int getGenotypeNum()
getGenotypeNum
在接口中 IGenotypes
public abstract Genotype getGenotype(int genotypeIndex)
getGenotype
在接口中 IGenotypes
genotypeIndex
- 基因型索引public int getAC()
getAC
在接口中 IGenotypes
public int getAN()
getAN
在接口中 IGenotypes
public edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encode()
encode
在接口中 IGenotypes
public IGenotypes asModifiable()
IGenotypes
asModifiable
在接口中 IGenotypes
public IGenotypes asUnmodifiable()
IGenotypes
asUnmodifiable
在接口中 IGenotypes
public boolean isModifiable()
IGenotypes
isModifiable
在接口中 IGenotypes
public java.lang.String toString()
toString
在类中 java.lang.Object
public IGenotypes subGenotypes(int[] indexes)
IGenotypes
subGenotypes
在接口中 IGenotypes
indexes
- 基因型索引public IGenotypes subGenotypes(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<java.lang.Integer> indexes)
IGenotypes
subGenotypes
在接口中 IGenotypes
indexes
- 基因型索引public boolean equals(java.lang.Object obj)
equals
在类中 java.lang.Object