edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype

类 CacheGenotypes

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.CacheGenotypes

所有已实现的接口:

IGenotypes, java.lang.Iterable<Genotype>

public abstract class CacheGenotypes
extends java.lang.Object
implements IGenotypes

缓存基因型管理类, 该类不支持 new, 而是从 cache 数据流中加载基因型 基因型储存在 cache 中

CacheGenotypes 用于改进 GTBReader 的性能, 但是我们要求基因型无法被改变, 以避免潜在的线程安全问题

另请参阅:

基因型对象, 编码类型, 枚举字节编码, Phased 最简字节编码, UnPhased 最简字节编码, 单字节编码, 双字节编码

方法概要

限定符和类型	方法和说明
IGenotypes	asModifiable() 转为可变的基因型序列类型
IGenotypes	asUnmodifiable() 转为不可变的基因型序列类型
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode	encode() 编码基因型序列 cacheGenotypes 可以快速返回编码结果
boolean	equals(java.lang.Object obj)
int	getAC() 获取等位基因计数 (allele count) 在这里指所有非 0 和 非 .
int	getAN() 获取等位基因总数 (allele number) 在这里指所有非 .
abstract Genotype	getGenotype(int genotypeIndex) 获取基因型
int	getGenotypeNum() 获取基因型总数
boolean	isModifiable() 当前基因型序列类型是否可修改的
boolean	isPhased() 基因型是否有向
IGenotypes	subGenotypes(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<java.lang.Integer> indexes) 获取子基因型序列
IGenotypes	subGenotypes(int[] indexes) 获取子基因型序列
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 java.lang.Object

getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

clear, format, format, getAC, getAF, getAF, getGenotypeCounts, getLeftGenotype, getLeftGenotypes, getMissingGenotypeNum, getRightGenotype, getRightGenotypes, isMissingGenotype, iterator, load, load, load, setGenotype, toBiallelic, toPhased, toPhased, toUnPhased

从接口继承的方法 java.lang.Iterable

forEach, spliterator

方法详细资料

isPhased

public boolean isPhased()

基因型是否有向

指定者:

isPhased 在接口中 IGenotypes

返回:

基因型是否有向

getGenotypeNum

public int getGenotypeNum()

获取基因型总数

指定者:

getGenotypeNum 在接口中 IGenotypes

返回:

基因型总数

getGenotype

public abstract Genotype getGenotype(int genotypeIndex)

获取基因型

指定者:

getGenotype 在接口中 IGenotypes

参数:

genotypeIndex - 基因型索引

返回:

指定基因型索引的基因型

getAC

public int getAC()

获取等位基因计数 (allele count) 在这里指所有非 0 和 非 . 的基因型的总数, 也就是替代等位基因总数

指定者:

getAC 在接口中 IGenotypes

返回:

等位基因计数

getAN

public int getAN()

获取等位基因总数 (allele number) 在这里指所有非 . 的基因型的总数

指定者:

getAN 在接口中 IGenotypes

返回:

等位基因总数

encode

public edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encode()

编码基因型序列 cacheGenotypes 可以快速返回编码结果

指定者:

encode 在接口中 IGenotypes

返回:

基因型序列编码结果

asModifiable

public IGenotypes asModifiable()

从接口复制的说明: IGenotypes

转为可变的基因型序列类型

指定者:

asModifiable 在接口中 IGenotypes

返回:

可变的基因型序列类型

asUnmodifiable

public IGenotypes asUnmodifiable()

从接口复制的说明: IGenotypes

转为不可变的基因型序列类型

指定者:

asUnmodifiable 在接口中 IGenotypes

返回:

不可变的基因型序列类型

isModifiable

public boolean isModifiable()

从接口复制的说明: IGenotypes

当前基因型序列类型是否可修改的

指定者:

isModifiable 在接口中 IGenotypes

返回:

当前基因型序列类型是否可修改的

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object

subGenotypes

public IGenotypes subGenotypes(int[] indexes)

从接口复制的说明: IGenotypes

获取子基因型序列

指定者:

subGenotypes 在接口中 IGenotypes

参数:

indexes - 基因型索引

返回:

子基因型序列

subGenotypes

public IGenotypes subGenotypes(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<java.lang.Integer> indexes)

从接口复制的说明: IGenotypes

获取子基因型序列

指定者:

subGenotypes 在接口中 IGenotypes

参数:

indexes - 基因型索引

返回:

子基因型序列

equals

public boolean equals(java.lang.Object obj)

覆盖:

equals 在类中 java.lang.Object