edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype

接口 MBEGEncoder

public interface MBEGEncoder

基因型数据组合编码器接口

字段概要

字段

限定符和类型	字段和说明
static MBEGEncoder	PHASED
static MBEGEncoder	UN_PHASED

方法概要

限定符和类型	方法和说明
default byte	encode(Genotype code1) 将 code1 进行组合
default byte	encode(Genotype code1, Genotype code2) 将 code1, code2 进行组合
default byte	encode(Genotype code1, Genotype code2, Genotype code3) 将 code1, code2, code3 进行组合
byte	encode(Genotype code1, Genotype code2, Genotype code3, Genotype code4) 将 code1, code2, code3, code4 进行组合 (仅在 unphased 下可用)
boolean	isPhased()

字段详细资料

PHASED

static final MBEGEncoder PHASED

UN_PHASED

static final MBEGEncoder UN_PHASED

方法详细资料

encode

default byte encode(Genotype code1)

将 code1 进行组合

参数:

code1 - 第一个 BEG 编码

返回:

将编码 code1 进行组合的结果, 缺失部分使用 code1 替代

encode

default byte encode(Genotype code1,
                    Genotype code2)

将 code1, code2 进行组合

参数:

code1 - 第一个 BEG 编码

code2 - 第二个 BEG 编码

返回:

将编码 code1,code2 进行组合的结果, 缺失部分使用 code2 替代

encode

default byte encode(Genotype code1,
                    Genotype code2,
                    Genotype code3)

将 code1, code2, code3 进行组合

参数:

code1 - 第一个 BEG 编码

code2 - 第二个 BEG 编码

code3 - 第三个 BEG 编码

返回:

将编码 code1,code2,code3 进行组合的结果, 缺失部分使用 code3 替代

encode

byte encode(Genotype code1,
            Genotype code2,
            Genotype code3,
            Genotype code4)

将 code1, code2, code3, code4 进行组合 (仅在 unphased 下可用)

参数:

code1 - 第一个 BEG 编码

code2 - 第二个 BEG 编码

code3 - 第三个 BEG 编码

code4 - 第四个 BEG 编码

返回:

将编码 code1,code2,code3,code4 进行组合的结果, 缺失部分使用 code4 替代

isPhased

boolean isPhased()

返回:

判断当前编码表是否有向