下载与安装
GBC 是基于 Oracle JDK 8 开发的应用程序，任何兼容支持或兼容 Oracle JDK 8 的计算机设备都可以使用我们的软件。用户需要先下载安装 Oracle JDK 或 Open JDK。Apple Silicon 设备可以使用 zulu JDK 作为替代。此外，我们也提供 Dockerfile 构建 GBC 的运行环境镜像。
通过 wget 下载软件包
# 下载 GBC 软件包
wget http://pmglab.top/gbc/history/v1.2/download/gbc.jar -O gbc.jar
# 运行 GBC 软件包
java -jar gbc.jar
通过 Docker 运行 GBC 软件包
# 下载 GBC 的 Dockerfile 文件
wget http://pmglab.top/gbc/history/v1.2/download/Dockerfile -O Dockerfile
# 从 Dockerfile 文件构建镜像
docker build -t gbc .
# 运行 GBC 软件包
docker run -it --rm gbc
从 Github 下载 GBC 源代码
# 下载 GBC 源代码
git clone https://github.com/Zhangliubin/gbc gbc-source
# 进入文件夹
cd gbc-source
# 运行 GBC 软件包
java -jar gbc.jar
更新软件包
GBC 目前已经迭代到稳定版本，通常情况下我们只会在现有的软件包基础上增加新的功能，或为增强稳定性和提升性能进行的少量代码架构更新。检查新版本可用性，请使用：
java -jar gbc.jar update
运行要求
GBC 进行了严格的内存需求控制，对于小规模的基因组数据，通常可以以默认内存分配量运行。对于大规模的基因组数据，GBC 单线程的内存使用量最多不超过 4 GB。因此，我们建议在始终不小于 4GB 的堆内存中运行 GBC 程序。用户通过以下指令分配 GBC 的运行时堆内存：
java -Xms4g -Xmx4g -jar gbc.jar
使用 Docker 运行 GBC 时，我们推荐使用以下模版语句：
# Macos 或 Linux
docker run -v `pwd`:`pwd` -w `pwd` --rm -it -m 4g gbc [options]
# Windows
docker run -v %cd%:%cd% -w %cd% --rm -it -e -m 4g gbc [options]
在该语句中，-v 表示将指定的主机路径映射到容器路径 (宿主机路径:容器路径)，-w 表示设置当前工作路径 (相当于运行 cd 指令)，-it 表示在交互式终端中运行，-m 4g 表示设置 JVM 最大堆大小为 4GB。
更新日志
[!UPDATE|label:2022/06/20]
- 发布 GBC 的第二个版本，版本号 1.2。
- Github 仓库地址：https://github.com/Zhangliubin/gbc
- 文档地址：http://pmglab.top/gbc/history/v1.2
- 请注意，GBC-1.1 与 GBC-1.2 是完全兼容的版本。GBC-1.2 专注于提升开发者 API 的使用体验，并移除了图形界面启动功能 (该功能仍然在 GBC-1.1 中提供)。
[!UPDATE|label:2022/4/2]
- 发布 GBC 的第一个版本，版本号 1.1。