edu.sysu.pmglab.gbc

类 MAF2GTB

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

edu.sysu.pmglab.gbc.MAF2GTB

public class MAF2GTB
extends edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

Mutation Annotation Format (MAF) 或类似格式转换为 Genotype Block Format (GTB) 格式 提供了一组标准程序 API 方法, 用于快速构建 GTB 文件 (CCF-based)

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

AVAILABLE_PROCESSORS, INIT_THREADS

方法概要

限定符和类型	方法和说明
MAF2GTB	addMeta(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode key, edu.sysu.pmglab.container.ByteCode value) 从外部直接注入元信息
MAF2GTB	addMeta(GTBMeta meta) 从外部直接注入元信息
MAF2GTB	addMeta(java.lang.String key, java.lang.String value) 从外部直接注入元信息
void	convert() 执行格式转换
edu.sysu.pmglab.container.File	getOutputFile() 获取输出文件
MAF2GTB	liftOver(LiftOver liftOver) 使用 chain 搜索树进行版本提升
MAF2GTB	liftOver(RefGenomeVersion fromGenomeVersion, RefGenomeVersion toGenomeVersion) 使用 chain 搜索树进行版本提升
static MAF2GTB	of(java.io.File inputFile) 构造器方法
static MAF2GTB	of(java.io.File inputFile, java.io.File outputFile) 构造器方法
static MAF2GTB	of(java.lang.String inputFileName) 构造器方法
static MAF2GTB	of(java.lang.String inputFileName, java.io.File outputFileName) 构造器方法
MAF2GTB	setAlleleCountField(java.lang.String alleleCountField) 设置等位基因计数字段名
MAF2GTB	setOutputFile(java.io.File outputFile) 设置输出文件
MAF2GTB	setThreads(int nThreads)
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addThreads, getThreads, reduceThreads, verify

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

方法详细资料

of

public static MAF2GTB of(java.io.File inputFile)
                  throws java.io.IOException

构造器方法

参数:

inputFile - 输入文件对象

返回:

转换器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

of

public static MAF2GTB of(java.lang.String inputFileName)
                  throws java.io.IOException

构造器方法

参数:

inputFileName - 输入文件名

返回:

转换器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

of

public static MAF2GTB of(java.io.File inputFile,
                         java.io.File outputFile)
                  throws java.io.IOException

构造器方法

参数:

inputFile - 输入文件对象

outputFile - 输出文件对象

返回:

转换器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

of

public static MAF2GTB of(java.lang.String inputFileName,
                         java.io.File outputFileName)
                  throws java.io.IOException

构造器方法

参数:

inputFileName - 输入文件名

outputFileName - 输出文件名

返回:

转换器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

setAlleleCountField

public MAF2GTB setAlleleCountField(java.lang.String alleleCountField)

设置等位基因计数字段名

参数:

alleleCountField - 等位基因计数字段名

返回:

本类

setOutputFile

public MAF2GTB setOutputFile(java.io.File outputFile)

设置输出文件

参数:

outputFile - 输出文件

返回:

本类

getOutputFile

public edu.sysu.pmglab.container.File getOutputFile()

获取输出文件

返回:

输出文件

setThreads

public MAF2GTB setThreads(int nThreads)

覆盖:

setThreads 在类中 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addMeta

public MAF2GTB addMeta(java.lang.String key,
                       java.lang.String value)

从外部直接注入元信息

参数:

key - 元信息键

value - 元信息值

返回:

本类

addMeta

public MAF2GTB addMeta(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode key,
                       edu.sysu.pmglab.container.ByteCode value)

从外部直接注入元信息

参数:

key - 元信息键

value - 元信息值

返回:

本类

addMeta

public MAF2GTB addMeta(GTBMeta meta)

从外部直接注入元信息

参数:

meta - 元信息字段前缀树

返回:

本类

liftOver

public MAF2GTB liftOver(LiftOver liftOver)

使用 chain 搜索树进行版本提升

参数:

liftOver - 链搜索树

返回:

本类

liftOver

public MAF2GTB liftOver(RefGenomeVersion fromGenomeVersion,
                        RefGenomeVersion toGenomeVersion)
                 throws java.io.IOException

使用 chain 搜索树进行版本提升

参数:

fromGenomeVersion - 源参考基因组版本

toGenomeVersion - 目标参考基因组版本

返回:

本类

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

convert

public void convert()
             throws java.io.IOException

执行格式转换

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object