edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver

类 LiftOver

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOver

public class LiftOver
extends java.lang.Object

快速进行基因组版本转换的快速搜索树 (区间树算法)

嵌套类概要

嵌套类

限定符和类型	类和说明
static class	LiftOver.Chain 描述链的映射信息 格式参考: ...

字段概要

字段

限定符和类型	字段和说明
static LiftOver	EMPTY 空版本转换 它将所有的输入原封不动地返回

构造器概要

构造器

构造器和说明
LiftOver(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<LiftOver.Chain> chains) 构造器方法

方法概要

限定符和类型	方法和说明
edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,java.lang.Integer>	convertCoordinate(Chromosome chromosome, int position) 转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录
edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,java.lang.Integer>	convertCoordinate(Chromosome chromosome, int position, PositionType positionType) 转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录
Variant	convertCoordinate(Variant variant) 转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录
edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer>>	convertInterval(Chromosome chromosome, edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> positions) 转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录
edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer>>	convertInterval(Chromosome chromosome, edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> positions, PositionType positionType) 转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系, 或转换后的区间长度与原先不匹配 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录
static LiftOver	load(java.lang.Object fileObj) 获取版本转换器
static LiftOver	load(RefGenomeVersion fromRefGenomeVersion, RefGenomeVersion toRefGenomeVersion) 从 UCSC 网站下载坐标转换 chain 文件
static LiftOver	load(RefGenomeVersion fromRefGenomeVersion, RefGenomeVersion toRefGenomeVersion, edu.sysu.pmglab.container.File outputFile) 从 UCSC 网站下载坐标转换 chain 文件
static java.util.Map<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.intervaltree.IntervalTree<java.util.Map.Entry<java.lang.Integer,LiftOver.Chain>,java.lang.Integer>>	loadChains(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<LiftOver.Chain> chains) 将链信息转为区间树, 用于全局搜索
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

字段详细资料

EMPTY

public static final LiftOver EMPTY

空版本转换 它将所有的输入原封不动地返回

构造器详细资料

LiftOver

public LiftOver(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<LiftOver.Chain> chains)

构造器方法

参数:

chains - 链

方法详细资料

load

public static LiftOver load(java.lang.Object fileObj)
                     throws java.io.IOException

获取版本转换器

参数:

fileObj - 文件对象, 文件对象为空或不符合的输入格式时返回 EMPTY 搜索树

返回:

LiftOver 工具

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

另请参阅:

识别为路径名, 识别为路径对象, 返回类本身

load

public static LiftOver load(RefGenomeVersion fromRefGenomeVersion,
                            RefGenomeVersion toRefGenomeVersion)
                     throws java.io.IOException

从 UCSC 网站下载坐标转换 chain 文件

参数:

fromRefGenomeVersion - 源参考基因组版本

toRefGenomeVersion - 目标参考基因组版本

返回:

LiftOver 工具

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

load

public static LiftOver load(RefGenomeVersion fromRefGenomeVersion,
                            RefGenomeVersion toRefGenomeVersion,
                            edu.sysu.pmglab.container.File outputFile)
                     throws java.io.IOException

从 UCSC 网站下载坐标转换 chain 文件

参数:

fromRefGenomeVersion - 源参考基因组版本

toRefGenomeVersion - 目标参考基因组版本

outputFile - 输出到指定文件

返回:

chain 文件加载的搜索树

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

loadChains

public static java.util.Map<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.intervaltree.IntervalTree<java.util.Map.Entry<java.lang.Integer,LiftOver.Chain>,java.lang.Integer>> loadChains(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<LiftOver.Chain> chains)

将链信息转为区间树, 用于全局搜索

参数:

chains - 链

返回:

链映射信息

convertCoordinate

public Variant convertCoordinate(Variant variant)

转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录

参数:

variant - 转换的位点, 使用 1-based 坐标系统

返回:

版本转换后的位点

convertCoordinate

public edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,java.lang.Integer> convertCoordinate(Chromosome chromosome,
                                                                                       int position)

转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录

参数:

chromosome - 染色体

position - 坐标, 正链 (0-based)

返回:

版本转换后的新坐标 (chromosome, position)

convertCoordinate

public edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,java.lang.Integer> convertCoordinate(Chromosome chromosome,
                                                                                       int position,
                                                                                       PositionType positionType)

转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录

参数:

chromosome - 染色体

position - 坐标, 正链

positionType - 坐标系统类型 (0-based or 1-based)

返回:

版本转换后的新坐标 (chromosome, position)

convertInterval

public edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer>> convertInterval(Chromosome chromosome,
                                                                                                                         edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> positions,
                                                                                                                         PositionType positionType)

转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系, 或转换后的区间长度与原先不匹配 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录

参数:

chromosome - 染色体

positions - 坐标区间

positionType - 坐标系统类型

返回:

版本转换后的新坐标 (chromosome, [position_start, position_end])

convertInterval

public edu.sysu.pmglab.container.Entry<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer>> convertInterval(Chromosome chromosome,
                                                                                                                         edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> positions)

转换坐标, 返回正链结果的映射值 当结果为 null 时表示没有定义转换关系 当查询到多条记录时, 返回 score 最高的记录

参数:

chromosome - 染色体

positions - 坐标区间

返回:

版本转换后的新坐标 (chromosome, [position_start, position_end])

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object