edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver

类 LiftOverDatabase

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.liftOver.LiftOverDatabase

所有已实现的接口:

java.lang.Iterable<java.lang.String>

public final class LiftOverDatabase
extends Database

数据库类型的具体实现: liftOver liftOver 主要用于添加在不同的参考基因组版本下的坐标信息 此类包含快速构建数据库的方法、快速映射为 DataBase 数据库

嵌套类概要

从类继承的嵌套类/接口 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

Database.Reader

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

JAR_RESOURCE_PATH, WORKSPACE_RESOURCE_PATH

构造器概要

构造器

构造器和说明
LiftOverDatabase(RefGenomeVersion fromRefGenomeVersion, RefGenomeVersion toRefGenomeVersion) liftOver 坐标注释
LiftOverDatabase(RefGenomeVersion fromRefGenomeVersion, RefGenomeVersion toRefGenomeVersion, AnnotateField fields) liftOver 坐标注释

方法概要

限定符和类型	方法和说明
Database.Reader	instance() 实例化注释器

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

addAnnotateField, addAnnotateField, addAnnotateFields, addMeta, addMeta, getAnnotateFields, getFieldType, getMissingValue, getResourceFile, iterator, toString

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 java.lang.Iterable

forEach, spliterator

构造器详细资料

LiftOverDatabase

public LiftOverDatabase(RefGenomeVersion fromRefGenomeVersion,
                        RefGenomeVersion toRefGenomeVersion)
                 throws java.io.IOException

liftOver 坐标注释

参数:

fromRefGenomeVersion - 源参考基因组版本

toRefGenomeVersion - 目标参考基因组版本

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

LiftOverDatabase

public LiftOverDatabase(RefGenomeVersion fromRefGenomeVersion,
                        RefGenomeVersion toRefGenomeVersion,
                        AnnotateField fields)
                 throws java.io.IOException

liftOver 坐标注释

参数:

fromRefGenomeVersion - 源参考基因组版本

toRefGenomeVersion - 目标参考基因组版本

fields - 字段名信息

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

方法详细资料

instance

public Database.Reader instance()
                         throws java.io.IOException

从类复制的说明: Database

实例化注释器

指定者:

instance 在类中 Database

返回:

注释器实例

抛出:

java.io.IOException - IO 异常