edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype

类 GenotypePLController

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.qualitycontrol.genotype.GenotypePLController

所有已实现的接口:

IGenotypeController, java.util.function.BiFunction<edu.sysu.pmglab.container.ByteCode,Genotype,java.lang.Boolean>

public class GenotypePLController
extends java.lang.Object
implements IGenotypeController

基因型质控器实现 —— PL phred-scaled genotype likelihood see: https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035890451 通常为多个数字使用逗号进行分隔, 分别表示 0/0, 0/1, 1/1 基因型的可能性. 该分数值被标准化, 0 表示最有可能当基因型, 其他数字则表示其他类型的概率. 通常, 次级基因型当概率不应该太高 (即 PL 不能太高), 否则该基因型是不可靠的.

字段概要

字段

限定符和类型	字段和说明
static int	DEFAULT
static edu.sysu.pmglab.container.ByteCode	KEYWORD PL 字符
static int	MAX
static int	MIN

构造器概要

构造器

构造器和说明
GenotypePLController() 构造器方法
GenotypePLController(int method) 构造器方法

方法概要

限定符和类型	方法和说明
java.lang.Boolean	apply(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode pl, Genotype genotype)
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode	getKeyWord() 获取关键字
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 java.util.function.BiFunction

andThen

字段详细资料

KEYWORD

public static final edu.sysu.pmglab.container.ByteCode KEYWORD

PL 字符

DEFAULT

public static final int DEFAULT

另请参阅:

常量字段值

MIN

public static final int MIN

另请参阅:

常量字段值

MAX

public static final int MAX

另请参阅:

常量字段值

构造器详细资料

GenotypePLController

public GenotypePLController()

构造器方法

GenotypePLController

public GenotypePLController(int method)

构造器方法

参数:

method - 阈值

方法详细资料

getKeyWord

public edu.sysu.pmglab.container.ByteCode getKeyWord()

从接口复制的说明: IGenotypeController

获取关键字

指定者:

getKeyWord 在接口中 IGenotypeController

返回:

关键字

apply

public java.lang.Boolean apply(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode pl,
                               Genotype genotype)

指定者:

apply 在接口中 java.util.function.BiFunction<edu.sysu.pmglab.container.ByteCode,Genotype,java.lang.Boolean>

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object