edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype

类 GenotypeSequenceEncoder

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.GenotypeSequenceEncoder

public class GenotypeSequenceEncoder
extends java.lang.Object

基因型序列编码器, 内部缓冲结构, 用于提升速度

构造器概要

构造器

构造器和说明
GenotypeSequenceEncoder()

方法概要

限定符和类型	方法和说明
void	close() 关闭编码器
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode	encode(boolean phased, int genotypeNum) 编码指定个数的空白基因型
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode	encode(IGenotypes genotypes, int alleleNum) 编码基因型

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

构造器详细资料

GenotypeSequenceEncoder

public GenotypeSequenceEncoder()

方法详细资料

encode

public edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encode(boolean phased,
                                                 int genotypeNum)

编码指定个数的空白基因型

参数:

phased - 向型

genotypeNum - 基因型个数

返回:

编码结果

encode

public edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encode(IGenotypes genotypes,
                                                 int alleleNum)

编码基因型

参数:

genotypes - 待编码的基因型对象序列

alleleNum - 等位基因数

返回:

编码结果

close

public void close()

关闭编码器