edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype

类 Genotypes

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.Genotypes

所有已实现的接口:

IGenotypes, java.lang.Iterable<Genotype>

public class Genotypes
extends java.lang.Object
implements IGenotypes

对象基因型管理类 基因型储存在 Genotype[] 数组中 cache 用于缓存编码数据

另请参阅:

基因型对象, 基因型对应的等位基因含义由 Variant 类定义

构造器概要

构造器

构造器和说明
Genotypes(boolean phased, int genotypeNum) 构造器方法
Genotypes(int genotypeNum) 构造器方法

方法概要

限定符和类型	方法和说明
IGenotypes	asModifiable() 转为可变的基因型序列类型
IGenotypes	asUnmodifiable() 转为不可变的基因型序列类型
void	clear() 重设基因型序列
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode	encode() 基因型编码方法
boolean	equals(java.lang.Object obj)
int	getAC() 获取等位基因计数 (allele count) 非 .
int	getAN() 获取等位基因总数 (allele number) 非 .
Genotype	getGenotype(int genotypeIndex) 获取基因型
int	getGenotypeNum() 获取基因型总数
boolean	isModifiable() 当前基因型序列类型是否可修改的
boolean	isPhased() 基因型是否有向
Genotypes	setGenotype(int genotypeIndex, Genotype genotype) 设置基因型
IGenotypes	toBiallelic(int refAlleleIndex, int altAlleleIndex) 转为二等位基因位点 指定的 refAlleleIndex 作为 0, altAlleleIndex 作为 1, 包含了其他值的基因型会被替换为 ./.
Genotypes	toPhased() 转为 Phased 基因型
java.lang.String	toString()
Genotypes	toUnPhased() 转为 unPhased 基因型

从类继承的方法 java.lang.Object

getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

format, format, getAC, getAF, getAF, getGenotypeCounts, getLeftGenotype, getLeftGenotypes, getMissingGenotypeNum, getRightGenotype, getRightGenotypes, isMissingGenotype, iterator, load, load, load, subGenotypes, subGenotypes, toPhased

从接口继承的方法 java.lang.Iterable

forEach, spliterator

构造器详细资料

Genotypes

public Genotypes(int genotypeNum)

构造器方法

参数:

genotypeNum - 基因型数

Genotypes

public Genotypes(boolean phased,
                 int genotypeNum)

构造器方法

参数:

phased - 向型

genotypeNum - 基因型数

方法详细资料

isPhased

public boolean isPhased()

基因型是否有向

指定者:

isPhased 在接口中 IGenotypes

返回:

基因型是否有向

getGenotypeNum

public int getGenotypeNum()

获取基因型总数

指定者:

getGenotypeNum 在接口中 IGenotypes

返回:

基因型总数

getGenotype

public Genotype getGenotype(int genotypeIndex)

获取基因型

指定者:

getGenotype 在接口中 IGenotypes

参数:

genotypeIndex - 基因型索引

返回:

指定基因型索引的基因型

setGenotype

public Genotypes setGenotype(int genotypeIndex,
                             Genotype genotype)

设置基因型

指定者:

setGenotype 在接口中 IGenotypes

参数:

genotypeIndex - 基因型索引

genotype - 基因型

返回:

本类

getAC

public int getAC()

获取等位基因计数 (allele count) 非 . 和 非 0 基因型的总数

指定者:

getAC 在接口中 IGenotypes

返回:

等位基因计数

getAN

public int getAN()

获取等位基因总数 (allele number) 非 . 基因型的总数

指定者:

getAN 在接口中 IGenotypes

返回:

等位基因总数

clear

public void clear()

重设基因型序列

指定者:

clear 在接口中 IGenotypes

toUnPhased

public Genotypes toUnPhased()

转为 unPhased 基因型

指定者:

toUnPhased 在接口中 IGenotypes

返回:

unphased Genotypes

toPhased

public Genotypes toPhased()

转为 Phased 基因型

指定者:

toPhased 在接口中 IGenotypes

返回:

phased Genotypes

toBiallelic

public IGenotypes toBiallelic(int refAlleleIndex,
                              int altAlleleIndex)

从接口复制的说明: IGenotypes

转为二等位基因位点 指定的 refAlleleIndex 作为 0, altAlleleIndex 作为 1, 包含了其他值的基因型会被替换为 ./.

指定者:

toBiallelic 在接口中 IGenotypes

参数:

refAlleleIndex - 设置参考基因型的索引

altAlleleIndex - 设置替代基因型的索引

返回:

本类

asModifiable

public IGenotypes asModifiable()

从接口复制的说明: IGenotypes

转为可变的基因型序列类型

指定者:

asModifiable 在接口中 IGenotypes

返回:

可变的基因型序列类型

asUnmodifiable

public IGenotypes asUnmodifiable()

从接口复制的说明: IGenotypes

转为不可变的基因型序列类型

指定者:

asUnmodifiable 在接口中 IGenotypes

返回:

不可变的基因型序列类型

isModifiable

public boolean isModifiable()

从接口复制的说明: IGenotypes

当前基因型序列类型是否可修改的

指定者:

isModifiable 在接口中 IGenotypes

返回:

当前基因型序列类型是否可修改的

encode

public edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encode()

从接口复制的说明: IGenotypes

基因型编码方法

指定者:

encode 在接口中 IGenotypes

返回:

本类

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object

equals

public boolean equals(java.lang.Object obj)

覆盖:

equals 在类中 java.lang.Object