类 | 说明 |
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CoordinateBasedDBSNP |
坐标 - DBSNP 查询器
通过坐标查询 rs number
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DBSNPDatabase |
数据库类型的具体实现: dbSNP
dbSNP 主要用于添加 VCF 文件的 ID 字段
此类包含快速构建数据库的方法、快速映射为 DataBase 数据库
下载数据库的指令: wget -c -O dbSNP_155.hg38.vcf.gz https://ftp.ncbi.nih.gov/snp/redesign/latest_release/VCF/GCF_000001405.39.gz -t 0 -T 60
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RSBasedDBSNP |
RS Number - DBSNP 查询器
通过 rs number 查询坐标
在该实例中, 需要 dbSNP 的原始数据库 GTB 文件, 还需要按照 RSNumber 排序的与原文件对应的指针文件
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