edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP

类 RSBasedDBSNP

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP.RSBasedDBSNP

所有已实现的接口:

java.io.Closeable, java.lang.AutoCloseable

public class RSBasedDBSNP
extends java.lang.Object
implements java.lang.AutoCloseable, java.io.Closeable

RS Number - DBSNP 查询器 通过 rs number 查询坐标

在该实例中, 需要 dbSNP 的原始数据库 GTB 文件, 还需要按照 RSNumber 排序的与原文件对应的指针文件

方法概要

限定符和类型	方法和说明
void	close() 关闭数据库
static RSBasedDBSNP	load(java.lang.Object fileObj, java.lang.Object indexObj) 获取 dbsnp 查询器
Variant	query(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode rsNumber) 查询指定的 RSNumber 查询坐标
Variant	query(long rsNumber) 查询指定坐标的 RSNumber 先通过 indexer 文件查询对应的数据指针, 再将 dbSNP 读取器挪动过去
Variant	query(java.lang.String rsNumber) 查询指定坐标的 RSNumber
void	reset() 重置数据库指针

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

方法详细资料

load

public static RSBasedDBSNP load(java.lang.Object fileObj,
                                java.lang.Object indexObj)
                         throws java.io.IOException

获取 dbsnp 查询器

参数:

fileObj - 文件对象

indexObj - 索引文件对象

返回:

dbsnp 查询器

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

query

public Variant query(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode rsNumber)

查询指定的 RSNumber 查询坐标

参数:

rsNumber - 染色体

返回:

符合指定坐标的 RSNumber

query

public Variant query(java.lang.String rsNumber)

查询指定坐标的 RSNumber

参数:

rsNumber - 指定的 rsNumber, rsNumber 应该为一个 long 值或以 rs/RS 开头的字段

返回:

符合指定坐标的 RSNumber

query

public Variant query(long rsNumber)

查询指定坐标的 RSNumber 先通过 indexer 文件查询对应的数据指针, 再将 dbSNP 读取器挪动过去

参数:

rsNumber - 待查询的 rs Number

返回:

符合指定 RSNumber 的变异位点对象, 不存在时返回 null

reset

public void reset()

重置数据库指针

close

public void close()
           throws java.io.IOException

关闭数据库

指定者:

close 在接口中 java.io.Closeable

指定者:

close 在接口中 java.lang.AutoCloseable

抛出:

java.io.IOException - IO 异常