edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP

类 DBSNPDatabase

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.dbSNP.DBSNPDatabase

所有已实现的接口:

java.lang.Iterable<java.lang.String>

public class DBSNPDatabase
extends GTBDatabase

数据库类型的具体实现: dbSNP dbSNP 主要用于添加 VCF 文件的 ID 字段 此类包含快速构建数据库的方法、快速映射为 DataBase 数据库

下载数据库的指令: wget -c -O dbSNP_155.hg38.vcf.gz https://ftp.ncbi.nih.gov/snp/redesign/latest_release/VCF/GCF_000001405.39.gz -t 0 -T 60

嵌套类概要

从类继承的嵌套类/接口 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase

GTBDatabase.Reader

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

JAR_RESOURCE_PATH, WORKSPACE_RESOURCE_PATH

构造器概要

构造器

构造器和说明
DBSNPDatabase(GTBManager databaseFile) dbSNP 数据库注释
DBSNPDatabase(GTBManager databaseFile, AnnotateField fields) dbSNP 数据库注释

方法概要

限定符和类型	方法和说明
static GTBManager	build(java.lang.String inputFileName, edu.sysu.pmglab.container.File databaseFile) 构建资源库
static edu.sysu.pmglab.ccf.CCFTable	buildIndexer(java.lang.String inputFileName, edu.sysu.pmglab.container.File databaseFile) 构建资源库 这里输入一个 GTB 格式的 dbSNP 数据库, 然后本方法对 RSNumber 进行排序, 以更快速地通过 rsnumber 查询坐标

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase

instance, setAnnotateFunction

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

addAnnotateField, addAnnotateField, addAnnotateFields, addMeta, addMeta, getAnnotateFields, getFieldType, getMissingValue, getResourceFile, iterator, toString

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 java.lang.Iterable

forEach, spliterator

构造器详细资料

DBSNPDatabase

public DBSNPDatabase(GTBManager databaseFile)
              throws java.io.IOException

dbSNP 数据库注释

参数:

databaseFile - 数据库文件

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

DBSNPDatabase

public DBSNPDatabase(GTBManager databaseFile,
                     AnnotateField fields)
              throws java.io.IOException

dbSNP 数据库注释

参数:

databaseFile - 数据库文件

fields - 注释到文件中的字段信息

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

方法详细资料

build

public static GTBManager build(java.lang.String inputFileName,
                               edu.sysu.pmglab.container.File databaseFile)
                        throws java.io.IOException

构建资源库

参数:

inputFileName - 输入文件

databaseFile - 输出数据库文件

返回:

数据库 GTB 管理器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

buildIndexer

public static edu.sysu.pmglab.ccf.CCFTable buildIndexer(java.lang.String inputFileName,
                                                        edu.sysu.pmglab.container.File databaseFile)
                                                 throws java.io.IOException

构建资源库 这里输入一个 GTB 格式的 dbSNP 数据库, 然后本方法对 RSNumber 进行排序, 以更快速地通过 rsnumber 查询坐标

参数:

inputFileName - 输入文件

databaseFile - 输出数据库文件

返回:

数据库 GTB 管理器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常