edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium

接口 ILDModel

所有已知实现类:

GenotypeLD, HaplotypeLD

public interface ILDModel

另请参阅:

HaplotypeLD, GenotypeLD

方法概要

限定符和类型	方法和说明
edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord	calculate(Variant variant1, Variant variant2) 计算两位点的 LD 系数
ILDProperty	getLdProperty(int subjectNum) 初始化位点属性对象
java.lang.Class<?>	getPropertyClass()
java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType>	getRecordType() 获取记录类型

方法详细资料

calculate

edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord calculate(Variant variant1,
                                             Variant variant2)

计算两位点的 LD 系数

参数:

variant1 - 位点 1

variant2 - 位点 2

返回:

LD 系数

getRecordType

java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType> getRecordType()

获取记录类型

返回:

记录类型

getPropertyClass

java.lang.Class<?> getPropertyClass()

返回:

获取特征字段类型

getLdProperty

ILDProperty getLdProperty(int subjectNum)

初始化位点属性对象

参数:

subjectNum - 样本数, 用于初始化容器

返回:

位点属性对象