构造器和说明 |
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Variant(java.lang.Object chromosome,
int position)
构造器方法
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Variant(java.lang.Object chromosome,
int position,
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode... alleles)
构造器方法
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Variant(java.lang.Object chromosome,
int position,
java.lang.Iterable<edu.sysu.pmglab.container.ByteCode> alleles)
构造器方法
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Variant(java.lang.Object chromosome,
int position,
java.lang.String... alleles)
构造器方法
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Variant(java.lang.Object chromosome,
int position,
Variant variant)
构造器方法, 为原位点设置新坐标
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限定符和类型 | 方法和说明 |
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Variant |
addAlleles(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode... alleles)
添加可选等位基因信息
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Variant |
addAlleles(java.lang.Iterable<edu.sysu.pmglab.container.ByteCode> alleles)
添加可选等位基因信息
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Variant |
addAlleles(java.lang.String... alleles)
添加可选等位基因信息
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edu.sysu.pmglab.container.ByteCode |
alleleOfIndex(int index) |
edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord |
calculateLD(Variant variant)
计算两位点之间的 LD 系数
当 variant 为 phased 时, 计算 HaplotypeLD, 否则计算 GenotypeLD
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edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord |
calculateLD(Variant variant,
ILDModel model)
计算两位点之间的 LD 系数
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Variant |
clearAlleles()
清空该位点的等位基因
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Variant |
clearProperty()
清空该位点的属性信息
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int |
compareTo(Variant o) |
int |
getAlleleNum() |
edu.sysu.pmglab.container.array.ByteCodeArray |
getAlleles()
获取等位基因标签信息
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Chromosome |
getChromosome() |
int |
getPosition() |
int |
getPosition(PositionType positionType) |
PositionType |
getPositionType()
获取坐标系统类型
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java.lang.Object |
getProperty(java.lang.Object key)
获取位点的指定属性值
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Strand |
getStrand()
获取链
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int |
indexOfAllele(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode allele) |
int |
indexOfAllele(java.lang.String allele) |
static boolean |
isStandardAllele(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode allele)
是否为标准等位基因, 即所有的 base 都是 A, T, C, G
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static boolean |
isStandardAllele(java.lang.String allele)
是否为标准等位基因, 即所有的 base 都是 A, T, C, G
|
static boolean |
isValidAllele(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode allele)
是否为合法等位基因, 即不能是 ,; 和不可见字符
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static boolean |
isValidAllele(java.lang.String allele)
是否为合法等位基因, 即不能是 ,; 和不可见字符
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Variant |
liftOver(LiftOver liftOver)
坐标版本转换
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static Variant |
load(edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord record)
加载位点数据, 用于将 CCFReader 读入的数据转换为 GTBReader 读入的数据
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static Variant |
load(edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord record,
java.lang.Iterable<java.lang.String> fieldNames)
加载位点数据, 用于将 CCFReader 读入的数据转换为 GTBReader 读入的数据
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Variants |
normalized()
切割位点为二等位基因位点, 用于注释和位点标准化
位点的属性会作为多位点对象的全局属性 (基因型除外)
每个单独的位点会被添加键为 Variant.class 的属性, 表示它是从哪个位点切割出来的
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java.lang.Iterable<java.lang.Object> |
propertyIterator() |
Variant |
setProperty(java.lang.Object key,
java.lang.Object value)
设置位点属性值
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edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord |
toRecord()
转为记录对象
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java.lang.String |
toString() |
public Variant(java.lang.Object chromosome, int position)
chromosome
- 染色体对象 (chromosome, int. string or bytecode)position
- 坐标 (要求为 1-based 和 FWD 的)public Variant(java.lang.Object chromosome, int position, edu.sysu.pmglab.container.ByteCode... alleles)
chromosome
- 染色体对象 (chromosome, int. string or bytecode)position
- 坐标 (要求为 1-based 和 FWD 的)alleles
- 等位基因列表public Variant(java.lang.Object chromosome, int position, java.lang.String... alleles)
chromosome
- 染色体对象 (chromosome, int. string or bytecode)position
- 坐标 (要求为 1-based 和 FWD 的)alleles
- 等位基因列表public Variant(java.lang.Object chromosome, int position, Variant variant)
chromosome
- 染色体对象 (chromosome, int. string or bytecode)position
- 坐标 (要求为 1-based 和 FWD 的)variant
- 其他位点对象public Variant(java.lang.Object chromosome, int position, java.lang.Iterable<edu.sysu.pmglab.container.ByteCode> alleles)
chromosome
- 染色体对象 (chromosome, int. string or bytecode)position
- 坐标 (要求为 1-based 和 FWD 的)alleles
- 等位基因序列public PositionType getPositionType()
public Strand getStrand()
public Variant clearProperty()
public Variant clearAlleles()
public Variant setProperty(java.lang.Object key, java.lang.Object value)
key
- 属性键value
- 属性值public java.lang.Object getProperty(java.lang.Object key)
key
- 属性键public Chromosome getChromosome()
public int getPosition()
public int getPosition(PositionType positionType)
positionType
- 位置类型public static boolean isStandardAllele(java.lang.String allele)
allele
- 校验的等位基因信息public static boolean isStandardAllele(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode allele)
allele
- 校验的等位基因信息public static boolean isValidAllele(java.lang.String allele)
allele
- 校验的等位基因信息public static boolean isValidAllele(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode allele)
allele
- 校验的等位基因信息public Variant addAlleles(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode... alleles)
alleles
- 等位基因列表public Variant addAlleles(java.lang.String... alleles)
alleles
- 等位基因列表public Variant addAlleles(java.lang.Iterable<edu.sysu.pmglab.container.ByteCode> alleles)
alleles
- 等位基因列表public edu.sysu.pmglab.container.array.ByteCodeArray getAlleles()
public edu.sysu.pmglab.container.ByteCode alleleOfIndex(int index)
index
- 等位基因标签索引, 0 代表 REFpublic int indexOfAllele(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode allele)
allele
- 等位基因信息public int indexOfAllele(java.lang.String allele)
allele
- 等位基因信息public int getAlleleNum()
public edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord calculateLD(Variant variant)
public edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord calculateLD(Variant variant, ILDModel model)
public java.lang.String toString()
toString
在类中 java.lang.Object
public java.lang.Iterable<java.lang.Object> propertyIterator()
public edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord toRecord()
public static Variant load(edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord record)
record
- 记录对象public static Variant load(edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord record, java.lang.Iterable<java.lang.String> fieldNames)
record
- 记录对象fieldNames
- 要加载的字段名public Variant liftOver(LiftOver liftOver)
liftOver
- 参考基因组版本转换器public Variants normalized()
位点的属性会作为多位点对象的全局属性 (基因型除外) 每个单独的位点会被添加键为 Variant.class 的属性, 表示它是从哪个位点切割出来的