edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium

枚举 GenotypeLD

java.lang.Object

java.lang.Enum<GenotypeLD>

edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.GenotypeLD

所有已实现的接口:

ILDModel, java.io.Serializable, java.lang.Comparable<GenotypeLD>

public enum GenotypeLD
extends java.lang.Enum<GenotypeLD>
implements ILDModel

Pearson LD 模型 该模型不考虑基因型向型, 仅考虑基因型携带等位基因的个数

枚举常量概要

枚举常量

枚举常量和说明
INSTANCE

方法概要

限定符和类型	方法和说明
edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord	calculate(Variant variant1, Variant variant2) 计算两位点的 LD 系数
edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.GenotypeLD.LDProperty	getLdProperty(int subjectNum) 初始化位点属性对象
java.lang.Class<?>	getPropertyClass()
edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord	getRecord(Chromosome chromosome, int pos1, int pos2, float r, float r2) 包装值为记录器对象
java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType>	getRecordType() 获取记录类型
java.lang.String	toString()
static GenotypeLD	valueOf(java.lang.String name) 返回带有指定名称的该类型的枚举常量。
static GenotypeLD[]	values() 按照声明该枚举类型的常量的顺序, 返回 包含这些常量的数组。

从类继承的方法 java.lang.Enum

compareTo, equals, getDeclaringClass, hashCode, name, ordinal, valueOf

从类继承的方法 java.lang.Object

getClass, notify, notifyAll, wait, wait, wait

枚举常量详细资料

INSTANCE

public static final GenotypeLD INSTANCE

方法详细资料

values

public static GenotypeLD[] values()

按照声明该枚举类型的常量的顺序, 返回 包含这些常量的数组。该方法可用于迭代 常量, 如下所示:

for (GenotypeLD c : GenotypeLD.values())
    System.out.println(c);

返回:

按照声明该枚举类型的常量的顺序返回的包含这些常量的数组

valueOf

public static GenotypeLD valueOf(java.lang.String name)

返回带有指定名称的该类型的枚举常量。 字符串必须与用于声明该类型的枚举常量的 标识符完全匹配。(不允许有多余 的空格字符。)

参数:

name - 要返回的枚举常量的名称。

返回:

返回带有指定名称的枚举常量

抛出:

java.lang.IllegalArgumentException - 如果该枚举类型没有带有指定名称的常量

java.lang.NullPointerException - 如果参数为空值

getRecordType

public java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType> getRecordType()

从接口复制的说明: ILDModel

获取记录类型

指定者:

getRecordType 在接口中 ILDModel

返回:

记录类型

calculate

public edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord calculate(Variant variant1,
                                                    Variant variant2)

从接口复制的说明: ILDModel

计算两位点的 LD 系数

指定者:

calculate 在接口中 ILDModel

参数:

variant1 - 位点 1

variant2 - 位点 2

返回:

LD 系数

getRecord

public edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord getRecord(Chromosome chromosome,
                                                    int pos1,
                                                    int pos2,
                                                    float r,
                                                    float r2)

包装值为记录器对象

参数:

chromosome - 染色体对象

pos1 - 坐标1

pos2 - 坐标2

r - ld 系数值

r2 - ld 系数值

返回:

记录器对象

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Enum<GenotypeLD>

getPropertyClass

public java.lang.Class<?> getPropertyClass()

指定者:

getPropertyClass 在接口中 ILDModel

返回:

获取特征字段类型

getLdProperty

public edu.sysu.pmglab.gbc.linkagedisequilibrium.GenotypeLD.LDProperty getLdProperty(int subjectNum)

从接口复制的说明: ILDModel

初始化位点属性对象

指定者:

getLdProperty 在接口中 ILDModel

参数:

subjectNum - 样本数, 用于初始化容器

返回:

位点属性对象