edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed

类 SeekableBEDReader

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.SeekableBEDReader

所有已实现的接口:

java.io.Closeable, java.lang.AutoCloseable

public class SeekableBEDReader
extends java.lang.Object
implements java.io.Closeable, java.lang.AutoCloseable

可索引和可快速搜索的 BED 读取器

使用 CCF 转存坐标文件 bim 为 ind, 并基于 ind 实现快速跳转

构造器概要

构造器

构造器和说明
SeekableBEDReader(java.lang.String fileName) 构造器方法

方法概要

限定符和类型	方法和说明
void	close() 关闭文件流
boolean	endOfFile() 是否到达文件结尾
Individual	getIndividual(int index) 获取个体
int	getIndividualNum() 获取个体数量
edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<Individual>	getIndividuals() 获取所有个体
edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long>	getRangeOfVariantIndex() 获取位点索引范围
long	getVariantNum() 获取位点个数
boolean	isClosed() 文件流是否被关闭
SeekableBEDReader	limit(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long> ranges) 设置全局的读取范围
edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<SeekableBEDReader>	part(int nParts) 将 BED 读取器分块
Variant	read() 读取一个位点
long	remaining() 获取当前数据表读取器可读的记录条目数
void	seek(long pointer) 指针跳转
long	tell() 获取文件的位点指针

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

构造器详细资料

SeekableBEDReader

public SeekableBEDReader(java.lang.String fileName)
                  throws java.io.IOException

构造器方法

参数:

fileName - 文件名

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

方法详细资料

getIndividuals

public edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<Individual> getIndividuals()

获取所有个体

返回:

所有个体对象

getIndividual

public Individual getIndividual(int index)

获取个体

参数:

index - 个体索引

返回:

个体对象

getIndividualNum

public int getIndividualNum()

获取个体数量

返回:

个体数量

read

public Variant read()
             throws java.io.IOException

读取一个位点

返回:

变异位点对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

seek

public void seek(long pointer)
          throws java.io.IOException

指针跳转

参数:

pointer - 指定的行号

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

tell

public long tell()

获取文件的位点指针

返回:

文件指针

limit

public SeekableBEDReader limit(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long> ranges)
                        throws java.io.IOException

设置全局的读取范围

参数:

ranges - 记录索引范围

返回:

是否约束成功

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

close

public void close()
           throws java.io.IOException

关闭文件流

指定者:

close 在接口中 java.io.Closeable

指定者:

close 在接口中 java.lang.AutoCloseable

抛出:

java.io.IOException

isClosed

public boolean isClosed()

文件流是否被关闭

返回:

文件流是否被关闭

endOfFile

public boolean endOfFile()

是否到达文件结尾

返回:

是否到达文件结尾

remaining

public long remaining()

获取当前数据表读取器可读的记录条目数

返回:

剩余可读数据长度

getVariantNum

public long getVariantNum()

获取位点个数

返回:

位点个数

getRangeOfVariantIndex

public edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long> getRangeOfVariantIndex()

获取位点索引范围

返回:

位点索引范围

part

public edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<SeekableBEDReader> part(int nParts)
                                                                  throws java.io.IOException

将 BED 读取器分块

参数:

nParts - 分块数

返回:

分类读取器

抛出:

java.io.IOException - IO 异常