edu.sysu.pmglab.gbc

类 GTBFilter

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.GTBFilter

public class GTBFilter
extends java.lang.Object

GTB 文件过滤器, 用于将 Variant 类型的控制条件翻译为 CCFFilter

构造器概要

构造器

构造器和说明
GTBFilter() 空白构造器
GTBFilter(GTBFilter filter) 构造器

方法概要

限定符和类型	方法和说明
GTBFilter	addFilter(GTBFilter filter) 添加过滤器
void	clear() 清空过滤器
GTBFilter	filterByAC(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> range) 按照等位基因频数过滤 等位基因频数指所有非 .
GTBFilter	filterByAF(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Float> range) 按照等位基因频率过滤 等位基因频率指所有非 .
GTBFilter	filterByAlleleNum(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> range) 按照可变等位基因数过滤位点
GTBFilter	filterByAN(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> range) 按照等位基因总数过滤 等位基因总数指所有非 .
GTBFilter	filterByChromosome(Chromosome chromosome) 添加染色体过滤器
GTBFilter	filterByChromosomes(Chromosome... chromosomes) 添加染色体过滤器
GTBFilter	filterByChromosomes(java.lang.Iterable<Chromosome> chromosomes) 添加染色体过滤器
GTBFilter	filterByCoordinate(Chromosome chromosome, int position) 添加染色体-坐标过滤器
GTBFilter	filterByCoordinateRange(Chromosome chromosome, edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> ranges) 添加染色体-坐标过滤器
GTBFilter	filterByCoordinateRanges(java.util.Map<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer>> poses) 添加多个染色体-坐标范围过滤器
GTBFilter	filterByCoordinates(Chromosome chromosome, java.lang.Iterable<java.lang.Integer> poses) 添加染色体-坐标过滤器
GTBFilter	filterByCoordinates(java.util.Map<Chromosome,java.lang.Iterable<java.lang.Integer>> poses) 添加多个染色体-坐标过滤器
<T> GTBFilter	filterByFieldFunction(java.lang.String fieldName, java.util.function.Function<T,java.lang.Boolean> function) 函数式过滤器, 提供了更为全面的列值检查方法
<T> GTBFilter	filterByFieldValue(java.lang.String fieldName, T enableValue) 数值过滤器, 只能选取指定的值
<T extends java.lang.Number & java.lang.Comparable<T>> GTBFilter	filterByFieldValueRange(java.lang.String fieldName, edu.sysu.pmglab.container.Interval<T> range) 数值过滤器, 只能选取指定的值
<T> GTBFilter	filterByFieldValues(java.lang.String fieldName, java.lang.Iterable<T> values) 数值过滤器, 只能选取指定的值
<T> GTBFilter	filterByFieldValues(java.lang.String fieldName, T[] values) 数值过滤器, 只能选取指定的值
GTBFilter	filterByVariant(java.util.function.Function<Variant,java.lang.Boolean> function) 位点过滤器
GTBFilter	filterByVariantIndex(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long> indexRangeOfVariant) 添加变异位点指针范围过滤器
GTBFilter	filterByVariantIndex(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long> indexRangeOfVariant, boolean containEnd) 添加变异位点指针范围过滤器
edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long>	getVariantIndexFilter() 获取记录索引范围过滤器
boolean	isEmpty() 查看过滤器容量, 用来判断是否为空

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

构造器详细资料

GTBFilter

public GTBFilter()

空白构造器

GTBFilter

public GTBFilter(GTBFilter filter)

构造器

参数:

filter - 已有的过滤器实例, 将该过滤器注入此过滤器

方法详细资料

addFilter

public GTBFilter addFilter(GTBFilter filter)

添加过滤器

参数:

filter - 过滤器

返回:

本类

isEmpty

public boolean isEmpty()

查看过滤器容量, 用来判断是否为空

返回:

过滤器是否为空

clear

public void clear()

清空过滤器

filterByChromosome

public GTBFilter filterByChromosome(Chromosome chromosome)

添加染色体过滤器

参数:

chromosome - 指定的染色体编号

返回:

本类

filterByChromosomes

public GTBFilter filterByChromosomes(Chromosome... chromosomes)

添加染色体过滤器

参数:

chromosomes - 染色体编号

返回:

本类

filterByChromosomes

public GTBFilter filterByChromosomes(java.lang.Iterable<Chromosome> chromosomes)

添加染色体过滤器

参数:

chromosomes - 染色体编号

返回:

本类

filterByCoordinateRange

public GTBFilter filterByCoordinateRange(Chromosome chromosome,
                                         edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> ranges)

添加染色体-坐标过滤器

参数:

chromosome - 染色体编号

ranges - 坐标范围

返回:

本类

filterByCoordinate

public GTBFilter filterByCoordinate(Chromosome chromosome,
                                    int position)

添加染色体-坐标过滤器

参数:

chromosome - 染色体编号

position - 可以读取的坐标

返回:

本类

filterByCoordinates

public GTBFilter filterByCoordinates(Chromosome chromosome,
                                     java.lang.Iterable<java.lang.Integer> poses)

添加染色体-坐标过滤器

参数:

chromosome - 染色体编号

poses - 可以读取的坐标

返回:

本类

filterByCoordinateRanges

public GTBFilter filterByCoordinateRanges(java.util.Map<Chromosome,edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer>> poses)

添加多个染色体-坐标范围过滤器

参数:

poses - 染色体编号及其可读取的坐标值范围, 坐标值为 null 时表示读取所有的坐标

返回:

本类

filterByCoordinates

public GTBFilter filterByCoordinates(java.util.Map<Chromosome,java.lang.Iterable<java.lang.Integer>> poses)

添加多个染色体-坐标过滤器

参数:

poses - 染色体编号及其可读取的坐标值, 坐标值为 null 时表示读取所有的坐标

返回:

本类

filterByVariantIndex

public GTBFilter filterByVariantIndex(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long> indexRangeOfVariant)

添加变异位点指针范围过滤器

参数:

indexRangeOfVariant - 变异位点指针范围 (包含端点值)

返回:

本类

filterByVariantIndex

public GTBFilter filterByVariantIndex(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long> indexRangeOfVariant,
                                      boolean containEnd)

添加变异位点指针范围过滤器

参数:

indexRangeOfVariant - 变异位点指针范围

containEnd - 是否包含端点值

返回:

本类

filterByAlleleNum

public GTBFilter filterByAlleleNum(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> range)

按照可变等位基因数过滤位点

参数:

range - 可变等位基因数范围 (包含端点值)

返回:

本类

filterByAC

public GTBFilter filterByAC(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> range)

按照等位基因频数过滤

等位基因频数指所有非 . 和 非 0 基因型的计数

参数:

range - 频数范围 (包含端点值)

返回:

本类

filterByAN

public GTBFilter filterByAN(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> range)

按照等位基因总数过滤

等位基因总数指所有非 . 基因型的计数

参数:

range - 总数范围 (包含端点值)

返回:

本类

filterByAF

public GTBFilter filterByAF(edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Float> range)

按照等位基因频率过滤

等位基因频率指所有非 . 和 非 0 基因型的计数

参数:

range - 频率范围 (包含端点值)

返回:

本类

filterByFieldFunction

public <T> GTBFilter filterByFieldFunction(java.lang.String fieldName,
                                           java.util.function.Function<T,java.lang.Boolean> function)

函数式过滤器, 提供了更为全面的列值检查方法

类型参数:

T - 值类型

参数:

fieldName - 字段名

function - 过滤函数

返回:

本类

filterByFieldValues

public <T> GTBFilter filterByFieldValues(java.lang.String fieldName,
                                         java.lang.Iterable<T> values)

数值过滤器, 只能选取指定的值

类型参数:

T - 值类型

参数:

fieldName - 字段名

values - 过滤函数

返回:

本类

filterByFieldValues

public <T> GTBFilter filterByFieldValues(java.lang.String fieldName,
                                         T[] values)

数值过滤器, 只能选取指定的值

类型参数:

T - 值类型

参数:

fieldName - 字段名

values - 过滤函数

返回:

本类

filterByFieldValue

public <T> GTBFilter filterByFieldValue(java.lang.String fieldName,
                                        T enableValue)

数值过滤器, 只能选取指定的值

类型参数:

T - 值类型

参数:

fieldName - 字段名

enableValue - 过滤函数

返回:

本类

filterByFieldValueRange

public <T extends java.lang.Number & java.lang.Comparable<T>> GTBFilter filterByFieldValueRange(java.lang.String fieldName,
                                                                                                edu.sysu.pmglab.container.Interval<T> range)

数值过滤器, 只能选取指定的值

类型参数:

T - 值类型

参数:

fieldName - 字段名

range - 过滤范围 (包含端点值)

返回:

本类

filterByVariant

public GTBFilter filterByVariant(java.util.function.Function<Variant,java.lang.Boolean> function)

位点过滤器

参数:

function - 过滤函数

返回:

本类

getVariantIndexFilter

public edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long> getVariantIndexFilter()

获取记录索引范围过滤器

返回:

记录索引范围过滤器