public class GTBFormat
extends edu.sysu.pmglab.ccf.CCFFormat
限定符和类型 | 字段和说明 |
---|---|
static java.lang.String |
alleleField
等位基因字段
|
static java.lang.String |
chromosomeField
染色体字段
|
static GTBFormat |
COORDINATE_FORMAT
坐标格式
|
static int |
DEFAULT_BLOCK_MEMORY
默认块大小 128 MB
|
static int |
DEFAULT_COMPRESSION_LEVEL
默认压缩级别, 压缩级别直接影响压缩比
|
static boolean |
DEFAULT_PHASED
默认向型为无向
|
static int |
DEFAULT_VARIANT_NUM
默认块大小
|
static java.lang.String |
genotypeField
基因型字段
|
static java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType> |
GTBFields
GTB 强制字段 (不允许命名)
|
static java.util.regex.Pattern |
pattern
字段名模式匹配器
|
boolean |
phased
基因型是否为有向
|
static GTBFormat |
PHASED_FORMAT
phased 基因型
|
static java.lang.String |
positionField
位置字段
|
static GTBFormat |
UN_PHASED_FORMAT
unphased 基因型
|
static java.lang.String |
VERSION
GBC 版本
|
构造器和说明 |
---|
GTBFormat(int compressionLevel,
int maxVariantNum,
boolean phased)
构造器方法
|
限定符和类型 | 方法和说明 |
---|---|
static java.lang.String |
checkSubjectName(java.lang.String subjectName)
样本名检查
|
boolean |
equals(java.lang.Object o) |
static boolean |
fieldNameChecker(java.lang.String fieldName)
字段名检查
|
int |
hashCode() |
static GTBFormat |
loadFromCCFMeta(edu.sysu.pmglab.ccf.CCFMeta meta)
转为 CCF 文件元信息
|
GTBFormat |
setCompressionLevel(int compressionLevel)
设置新压缩级别, 并返回 GTB 格式实例
|
GTBFormat |
setMaxVariantNum(int maxVariantNum)
设置每个块最多包含的位点数, 并返回 GTB 格式实例
|
GTBFormat |
setPhased(boolean phased)
设置基因型向型, 并返回 GTB 格式实例
|
edu.sysu.pmglab.ccf.CCFMeta |
toCCFMeta()
转为 CCF 文件元信息
|
java.lang.String |
toString() |
public static final java.lang.String VERSION
public static final boolean DEFAULT_PHASED
public static final int DEFAULT_COMPRESSION_LEVEL
public final boolean phased
public static final int DEFAULT_VARIANT_NUM
public static final int DEFAULT_BLOCK_MEMORY
public static final GTBFormat COORDINATE_FORMAT
public static final GTBFormat PHASED_FORMAT
public static final GTBFormat UN_PHASED_FORMAT
public static final java.lang.String chromosomeField
public static final java.lang.String positionField
public static final java.lang.String alleleField
public static final java.lang.String genotypeField
public static final java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType> GTBFields
public static final java.util.regex.Pattern pattern
public GTBFormat(int compressionLevel, int maxVariantNum, boolean phased)
compressionLevel
- 压缩器的压缩级别maxVariantNum
- 每个块最多包含的位点数phased
- 基因型向型public GTBFormat setCompressionLevel(int compressionLevel)
setCompressionLevel
在类中 edu.sysu.pmglab.ccf.CCFFormat
compressionLevel
- 压缩器的压缩级别public GTBFormat setMaxVariantNum(int maxVariantNum)
maxVariantNum
- 每个块最多包含的位点数public GTBFormat setPhased(boolean phased)
phased
- 向型public edu.sysu.pmglab.ccf.CCFMeta toCCFMeta()
public static GTBFormat loadFromCCFMeta(edu.sysu.pmglab.ccf.CCFMeta meta)
meta
- 包含元信息的 CCFMeta 类public java.lang.String toString()
toString
在类中 edu.sysu.pmglab.ccf.CCFFormat
public static boolean fieldNameChecker(java.lang.String fieldName)
fieldName
- 字段名public static java.lang.String checkSubjectName(java.lang.String subjectName)
subjectName
- 样本名public boolean equals(java.lang.Object o)
equals
在类中 edu.sysu.pmglab.ccf.CCFFormat
public int hashCode()
hashCode
在类中 edu.sysu.pmglab.ccf.CCFFormat