public class GTBIndexer
extends java.lang.Object
限定符和类型 | 类和说明 |
---|---|
static class |
GTBIndexer.Builder
索引构造器
|
限定符和类型 | 方法和说明 |
---|---|
static void |
clear()
清除所有的有序/无序标记
|
boolean |
containsChromosome(Chromosome chromosome)
是否包含指定的染色体数据
|
boolean |
containsCoordinate(Chromosome chromosome,
int position)
是否可能包含指定的坐标数据
|
java.util.Set<Chromosome> |
getChromosomes()
获取染色体列表
|
long |
getMaxVariantIndex(Chromosome chromosome)
获取指定染色体数据的指针范围
|
int |
getMaxVariantPosition(Chromosome chromosome)
获取指定染色体数据的坐标范围
|
long |
getMinVariantIndex(Chromosome chromosome)
获取指定染色体数据的指针范围
|
int |
getMinVariantPosition(Chromosome chromosome)
获取指定染色体数据的坐标范围
|
edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long> |
getVariantIndexRange(Chromosome chromosome)
获取指定染色体数据的指针范围
|
edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> |
getVariantPositionRange(Chromosome chromosome)
获取指定染色体数据的坐标范围
|
int |
numOfChromosomes()
获取染色体个数
|
edu.sysu.pmglab.container.File |
save()
储存染色体树表到文件中 (CCF 格式)
索引文件包含 3 列, 第一列为染色体编号, 第二列为该染色体编号包含的变异位点的坐标范围, 第三列为该染色对应原文件中的索引
默认为 '当前绑定的资源文件名.idx'
|
edu.sysu.pmglab.container.File |
save(java.io.File outputFile)
储存染色体树表到文件中 (CCF 格式)
索引文件包含 3 列, 第一列为染色体编号, 第二列为该染色体编号包含的变异位点的坐标范围, 第三列为该染色对应原文件中的索引
|
public static void clear()
public edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long> getVariantIndexRange(Chromosome chromosome)
chromosome
- 指定染色体编号public long getMinVariantIndex(Chromosome chromosome)
chromosome
- 指定染色体编号public long getMaxVariantIndex(Chromosome chromosome)
chromosome
- 指定染色体编号public edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Integer> getVariantPositionRange(Chromosome chromosome)
chromosome
- 指定染色体编号public int getMinVariantPosition(Chromosome chromosome)
chromosome
- 指定染色体编号public int getMaxVariantPosition(Chromosome chromosome)
chromosome
- 指定染色体编号public java.util.Set<Chromosome> getChromosomes()
public int numOfChromosomes()
public boolean containsChromosome(Chromosome chromosome)
chromosome
- 染色体对象public boolean containsCoordinate(Chromosome chromosome, int position)
chromosome
- 染色体对象position
- 坐标值public edu.sysu.pmglab.container.File save() throws java.io.IOException
索引文件包含 3 列, 第一列为染色体编号, 第二列为该染色体编号包含的变异位点的坐标范围, 第三列为该染色对应原文件中的索引
默认为 '当前绑定的资源文件名.idx'
java.io.IOException
- IO 异常public edu.sysu.pmglab.container.File save(java.io.File outputFile) throws java.io.IOException
索引文件包含 3 列, 第一列为染色体编号, 第二列为该染色体编号包含的变异位点的坐标范围, 第三列为该染色对应原文件中的索引
outputFile
- 输出文件对象java.io.IOException
- IO 异常