edu.sysu.pmglab.gbc

类 GTBIndexer.Builder

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

edu.sysu.pmglab.gbc.GTBIndexer.Builder

封闭类:

GTBIndexer

public static class GTBIndexer.Builder
extends edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

索引构造器

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

AVAILABLE_PROCESSORS, INIT_THREADS

构造器概要

构造器

构造器和说明
Builder(edu.sysu.pmglab.unifyIO.Path path) 索引构造器

方法概要

限定符和类型	方法和说明
GTBIndexer	build() 构造索引对象
GTBIndexer	load() 从默认文件路径 (path.idx) 中加载索引文件
GTBIndexer	load(java.io.File indexerFile) 加载染色体树表
GTBIndexer	load(java.lang.String indexerFileName) 加载染色体树表
GTBIndexer.Builder	mapRecordToVariant(java.util.function.Function<edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord,Variant> mapper) 映射记录到变异位点
static GTBIndexer.Builder	of(java.lang.Object resource) 构造器方法
GTBIndexer	rebuild() 重新构造索引对象
GTBIndexer.Builder	setCoordinateFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> fields) 加载的坐标有关的字段
GTBIndexer.Builder	setCoordinateFields(java.lang.String... fields) 加载的坐标有关的字段
GTBIndexer.Builder	setThreads(int threads)

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addThreads, getThreads, reduceThreads, verify

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

构造器详细资料

Builder

public Builder(edu.sysu.pmglab.unifyIO.Path path)

索引构造器

参数:

path - 文件路径

方法详细资料

of

public static GTBIndexer.Builder of(java.lang.Object resource)

构造器方法

参数:

resource - CCF 资源文件

返回:

索引文件构造器

mapRecordToVariant

public GTBIndexer.Builder mapRecordToVariant(java.util.function.Function<edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord,Variant> mapper)

映射记录到变异位点

参数:

mapper - 映射器

返回:

本类

setCoordinateFields

public GTBIndexer.Builder setCoordinateFields(java.lang.String... fields)

加载的坐标有关的字段

参数:

fields - 字段名

返回:

本类

setCoordinateFields

public GTBIndexer.Builder setCoordinateFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> fields)

加载的坐标有关的字段

参数:

fields - 字段名

返回:

本类

setThreads

public GTBIndexer.Builder setThreads(int threads)

覆盖:

setThreads 在类中 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

load

public GTBIndexer load()
                throws java.io.IOException

从默认文件路径 (path.idx) 中加载索引文件

返回:

索引器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

load

public GTBIndexer load(java.io.File indexerFile)
                throws java.io.IOException

加载染色体树表

参数:

indexerFile - 索引文件路径

返回:

索引器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

load

public GTBIndexer load(java.lang.String indexerFileName)
                throws java.io.IOException

加载染色体树表

参数:

indexerFileName - 索引文件路径 (可以是本地路径也可以是 HTTP 路径)

返回:

索引器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

build

public GTBIndexer build()
                 throws java.io.IOException

构造索引对象

返回:

索引方法

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

rebuild

public GTBIndexer rebuild()
                   throws java.io.IOException

重新构造索引对象

返回:

索引方法

抛出:

java.io.IOException - IO 异常