public class GTBManager
extends java.lang.Object
限定符和类型 | 类和说明 |
---|---|
static class |
GTBManager.Type |
限定符和类型 | 方法和说明 |
---|---|
static void |
clear()
清除样本管理器
|
static boolean |
clear(java.lang.Object file)
清除指定的样本管理器
|
boolean |
containField(java.lang.String fieldName)
是否包含指定的字段对象
|
boolean |
containSubject(java.lang.String subject)
是否包含指定的样本名
|
int |
getFieldNum()
获取当前数据表包含的列数
|
java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType> |
getFields()
获取补充的其他字段
|
edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType |
getFieldType(java.lang.String fieldName)
获取指定字段的类型
|
edu.sysu.pmglab.unifyIO.Path |
getFilePath()
获取 GTB 文件名
|
GTBFormat |
getGtbFormat()
获取 GTB 文件格式
|
GTBIndexer |
getIndexer()
获取索引器
当文件无序时抛出异常
|
GTBMeta |
getMeta()
获取 meta 信息
|
int |
getSubjectNum()
获取样本数
|
java.util.Set<java.lang.String> |
getSubjects()
获取样本序列
|
GTBManager.Type |
getType()
获取 GTB 文件类型
|
long |
getVariantNum()
获取位点数
|
int |
hashCode() |
int |
indexOfSubject(java.lang.String subject)
获取指定样本的索引
|
GTBReader |
instanceReader()
实例化 GTB 读取器
|
GTBReader |
instanceReader(boolean loadGenotype)
实例化 GTB 读取器
|
GTBReader |
instanceReader(boolean loadGenotype,
boolean loadField)
实例化 GTB 读取器
|
GTBReader |
instanceReader(boolean loadGenotype,
java.lang.Iterable<java.lang.String> fields)
实例化 GTB 读取器
|
boolean |
isGenotypePhased()
检查基因型的向型
|
boolean |
isOrdered()
检查文件是否弱有序
弱有序被定义为在染色体范围内是有序的, 它不需要像有序那么严格
|
static GTBManager |
load(java.lang.Object file)
获取文件管理器
|
GTBIndexer |
loadIndexer()
尝试加载索引器文件, 文件不存在或加载失败时返回 null
|
GTBIndexer |
loadIndexer(java.io.File indexerPath)
尝试加载索引器文件, 文件不存在或加载失败时返回 null
|
GTBIndexer |
loadIndexer(java.lang.String indexerPath)
尝试加载索引器文件, 文件不存在或加载失败时返回 null
|
boolean |
loadIndexerFrom(java.lang.String path)
从指定的路径加载索引文件
如果已经加载过索引, 则返回 true
|
java.lang.String |
subjectOfIndex(int index)
获取指定索引对应的样本
|
java.lang.String |
toString() |
public static void clear()
public static boolean clear(java.lang.Object file) throws java.io.IOException
file
- 文件对象java.io.IOException
- IO 异常真实存在的路径对象
,
文件名
,
文件对象
,
数据表对象
public static GTBManager load(java.lang.Object file)
file
- 文件对象真实存在的路径对象
,
文件名
,
文件对象
,
数据表对象
public boolean containField(java.lang.String fieldName)
fieldName
- 字段对象public java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType> getFields()
public edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType getFieldType(java.lang.String fieldName)
fieldName
- 指定的字段名public long getVariantNum()
public int getSubjectNum()
public int getFieldNum()
public boolean containSubject(java.lang.String subject)
subject
- 样本名public java.lang.String subjectOfIndex(int index)
index
- 样本索引public int indexOfSubject(java.lang.String subject)
subject
- 样本名public java.util.Set<java.lang.String> getSubjects()
public edu.sysu.pmglab.unifyIO.Path getFilePath()
public GTBFormat getGtbFormat()
public GTBMeta getMeta()
public GTBManager.Type getType()
public GTBReader instanceReader() throws java.io.IOException
java.io.IOException
- IO 异常public GTBReader instanceReader(boolean loadGenotype) throws java.io.IOException
loadGenotype
- 是否加载基因型java.io.IOException
- IO 异常public GTBReader instanceReader(boolean loadGenotype, boolean loadField) throws java.io.IOException
loadGenotype
- 是否加载基因型loadField
- 是否加载其他字段java.io.IOException
- IO 异常public GTBReader instanceReader(boolean loadGenotype, java.lang.Iterable<java.lang.String> fields) throws java.io.IOException
loadGenotype
- 是否加载基因型fields
- 补充的其他字段java.io.IOException
- IO 异常public int hashCode()
hashCode
在类中 java.lang.Object
public java.lang.String toString()
toString
在类中 java.lang.Object
public boolean isGenotypePhased()
public boolean loadIndexerFrom(java.lang.String path) throws java.io.IOException
如果已经加载过索引, 则返回 true
path
- 索引文件路径java.io.IOException
- IO 异常public boolean isOrdered() throws java.io.IOException
java.io.IOException
- IO 异常public GTBIndexer getIndexer() throws java.io.IOException
当文件无序时抛出异常
java.io.IOException
- IO 异常public GTBIndexer loadIndexer() throws java.io.IOException
java.io.IOException
- IO 异常public GTBIndexer loadIndexer(java.lang.String indexerPath) throws java.io.IOException
indexerPath
- 索引器文件路径java.io.IOException
- IO 异常public GTBIndexer loadIndexer(java.io.File indexerPath) throws java.io.IOException
indexerPath
- 索引器文件路径java.io.IOException
- IO 异常