edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.cadd

类 CADD

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.cadd.CADD

所有已实现的接口:

java.lang.Iterable<java.lang.String>

public final class CADD
extends GTBDatabase

数据库类型的具体实现: CADD

CADD 是对人类基因组中单个核苷酸变体以及插入/删除变体的有害性进行评分的工具。 CADD 分数与等位基因多样性、编码和非编码变体的致病性、实验测量的调节效应密切相关，以及单个基因组序列中高排名的因果变异。CADD可以在定量上优先考虑各种功能类别、效果大小和遗传结构的功能、有害和疾病因果变异，并可用于优先考虑研究和临床环境中的因果变化。

数据库下载站: https://cadd.gs.washington.edu/download 此类包含快速构建数据库的方法、快速映射为 DataBase 数据库

嵌套类概要

从类继承的嵌套类/接口 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase

GTBDatabase.Reader

字段概要

字段

限定符和类型	字段和说明
static edu.sysu.pmglab.container.File	DEFAULT_DATABASE_FILE 默认数据库文件名
static RefGenomeVersion	DEFAULT_GENOME_VERSION 默认基因组版本

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

JAR_RESOURCE_PATH, WORKSPACE_RESOURCE_PATH

构造器概要

构造器

构造器和说明
CADD() 实例化 CADD 数据库
CADD(AnnotateField fields) 实例化 CADD 数据库
CADD(GTBManager databaseFile) 实例化 CADD 数据库
CADD(GTBManager databaseFile, AnnotateField fields) 实例化 CADD 数据库

方法概要

限定符和类型	方法和说明
static GTBManager	build(edu.sysu.pmglab.container.File originFile, edu.sysu.pmglab.container.File databaseFile) 构建资源库
static GTBManager	build(RefGenomeVersion refGenomeVersion, edu.sysu.pmglab.container.File databaseFile) 构建资源库

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase

instance, load, load, setAnnotateFunction

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

addAnnotateField, addAnnotateField, addAnnotateFields, addMeta, addMeta, getAnnotateFields, getFieldType, getMissingValue, getResourceFile, iterator, toString

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 java.lang.Iterable

forEach, spliterator

字段详细资料

DEFAULT_GENOME_VERSION

public static final RefGenomeVersion DEFAULT_GENOME_VERSION

默认基因组版本

DEFAULT_DATABASE_FILE

public static final edu.sysu.pmglab.container.File DEFAULT_DATABASE_FILE

默认数据库文件名

构造器详细资料

CADD

public CADD()
     throws java.io.IOException

实例化 CADD 数据库

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

CADD

public CADD(AnnotateField fields)
     throws java.io.IOException

实例化 CADD 数据库

参数:

fields - 注释到文件中的字段信息

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

CADD

public CADD(GTBManager databaseFile)
     throws java.io.IOException

实例化 CADD 数据库

参数:

databaseFile - 数据库文件

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

CADD

public CADD(GTBManager databaseFile,
            AnnotateField fields)
     throws java.io.IOException

实例化 CADD 数据库

参数:

databaseFile - 数据库文件

fields - 注释到文件中的字段信息

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

方法详细资料

build

public static GTBManager build(RefGenomeVersion refGenomeVersion,
                               edu.sysu.pmglab.container.File databaseFile)
                        throws java.io.IOException

构建资源库

参数:

refGenomeVersion - 参考基因组版本, 可选 hg19 和 hg38

databaseFile - 输出路径 (即数据文件夹路径)

返回:

CADD 数据库对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

build

public static GTBManager build(edu.sysu.pmglab.container.File originFile,
                               edu.sysu.pmglab.container.File databaseFile)
                        throws java.io.IOException

构建资源库

参数:

originFile - 数据库源文件

databaseFile - 输出路径 (即数据文件夹路径)

返回:

CADD 数据库对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常