edu.sysu.pmglab.gbc.annotation

类 GTBDatabase.Reader

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database.Reader

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase.Reader

封闭类:

GTBDatabase

public static class GTBDatabase.Reader
extends Database.Reader

GTB 数据库读取器

方法概要

限定符和类型	方法和说明
boolean	annotate(Variant variant) 注释指定位点
void	close() 关闭数据库
void	limit(Chromosome chromosome) 限制读取的染色体范围
void	reset() 重置数据库

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

方法详细资料

annotate

public boolean annotate(Variant variant)

从类复制的说明: Database.Reader

注释指定位点

覆盖:

annotate 在类中 Database.Reader

参数:

variant - 位点对象

返回:

是否注释成功, true 时数据被注释到文件中, false 时注入缺失字段

reset

public void reset()

从类复制的说明: Database.Reader

重置数据库

覆盖:

reset 在类中 Database.Reader

close

public void close()
           throws java.io.IOException

从类复制的说明: Database.Reader

关闭数据库

覆盖:

close 在类中 Database.Reader

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

limit

public void limit(Chromosome chromosome)

从类复制的说明: Database.Reader

限制读取的染色体范围

覆盖:

limit 在类中 Database.Reader

参数:

chromosome - 染色体对象