edu.sysu.pmglab.gbc.annotation

类 GTBDatabase

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase

所有已实现的接口:

java.lang.Iterable<java.lang.String>

直接已知子类:

ClinVar, ClinVarDatabase, dbNSFPRankScore, dbNSFPRankScoreDatabase, DBSNPDatabase, RegBaseDatabase

public class GTBDatabase
extends Database

GTB 协议数据库对象接口 文件具有 CHROM, POS 信息

该数据库的默认注释规则为筛选 CHROM, POS 一致的位点, 然后将 REF 和 ALT 完全一致的记录注释到位点中

嵌套类概要

嵌套类

限定符和类型	类和说明
static class	GTBDatabase.Reader GTB 数据库读取器

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

JAR_RESOURCE_PATH, WORKSPACE_RESOURCE_PATH

构造器概要

构造器

构造器和说明
GTBDatabase(java.lang.Object database) 数据库构造器方法
GTBDatabase(java.lang.Object managerObject, boolean loadGenotype, java.lang.Iterable<java.lang.String> loadInFields) 数据库构造器方法

方法概要

限定符和类型	方法和说明
Database.Reader	instance() 实例化读取器对象
GTBDatabase	setAnnotateFunction(java.util.function.BiFunction<Variants,Variant,java.lang.Boolean> annotateFunction) 注释函数

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

addAnnotateField, addAnnotateField, addAnnotateFields, addMeta, addMeta, getAnnotateFields, getFieldType, getMissingValue, getResourceFile, iterator, toString

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 java.lang.Iterable

forEach, spliterator

构造器详细资料

GTBDatabase

public GTBDatabase(java.lang.Object database)
            throws java.io.IOException

数据库构造器方法

参数:

database - 数据库对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

GTBDatabase

public GTBDatabase(java.lang.Object managerObject,
                   boolean loadGenotype,
                   java.lang.Iterable<java.lang.String> loadInFields)
            throws java.io.IOException

数据库构造器方法

参数:

managerObject - 数据库对象

loadGenotype - 是否加载数据库文件的基因型

loadInFields - 数据库载入的字段

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

方法详细资料

setAnnotateFunction

public GTBDatabase setAnnotateFunction(java.util.function.BiFunction<Variants,Variant,java.lang.Boolean> annotateFunction)

注释函数

参数:

annotateFunction - 位点注释函数

返回:

本类

instance

public Database.Reader instance()
                         throws java.io.IOException

实例化读取器对象

指定者:

instance 在类中 Database

返回:

读取器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常