edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.regBase

类 RegBaseDatabase

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.impl.regBase.RegBaseDatabase

所有已实现的接口:

java.lang.Iterable<java.lang.String>

public final class RegBaseDatabase
extends GTBDatabase

数据库类型的具体实现: regBase

regBase 是评估人类非编码基因组的功能性、致病性、癌症驱动性的预测数据库 该数据库所有的记录都是单碱基突变形式 (如 A > C)

数据库下载站: https://github.com/mulinlab/regBase 此类包含快速构建数据库的方法、快速映射为 DataBase 数据库

嵌套类概要

从类继承的嵌套类/接口 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase

GTBDatabase.Reader

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

JAR_RESOURCE_PATH, WORKSPACE_RESOURCE_PATH

构造器概要

构造器

构造器和说明
RegBaseDatabase(GTBManager databaseFile) 实例化 RegBase 数据库
RegBaseDatabase(GTBManager databaseFile, AnnotateField fields) 实例化 RegBase 数据库

方法概要

限定符和类型	方法和说明
static GTBManager	build(java.lang.String inputFileName, edu.sysu.pmglab.container.File databaseFile) 构建资源库

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBDatabase

instance, setAnnotateFunction

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

addAnnotateField, addAnnotateField, addAnnotateFields, addMeta, addMeta, getAnnotateFields, getFieldType, getMissingValue, getResourceFile, iterator, toString

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 java.lang.Iterable

forEach, spliterator

构造器详细资料

RegBaseDatabase

public RegBaseDatabase(GTBManager databaseFile)
                throws java.io.IOException

实例化 RegBase 数据库

参数:

databaseFile - 数据库文件

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

RegBaseDatabase

public RegBaseDatabase(GTBManager databaseFile,
                       AnnotateField fields)
                throws java.io.IOException

实例化 RegBase 数据库

参数:

databaseFile - 数据库文件

fields - 注释到文件中的字段信息

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

方法详细资料

build

public static GTBManager build(java.lang.String inputFileName,
                               edu.sysu.pmglab.container.File databaseFile)
                        throws java.io.IOException

构建资源库

参数:

inputFileName - 输入文件

databaseFile - 输出数据库文件

返回:

数据库 GTB 管理器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常