public class LDCalculator
extends edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable
限定符和类型 | 字段和说明 |
---|---|
static float |
DEFAULT_MAF |
static float |
DEFAULT_MIN_R2 |
static int |
DEFAULT_WINDOW_SIZE_BP
默认值
|
限定符和类型 | 方法和说明 |
---|---|
LDCalculator |
addVariantFilter(GTBFilter filter)
设置位点过滤器
|
edu.sysu.pmglab.container.File |
getOutputFile()
获取输出文件
|
static LDCalculator |
of(java.lang.Object gtbFileName)
私有构造器方法
|
static LDCalculator |
of(java.lang.Object gtbFileName,
java.io.File outputFileName)
私有构造器方法
|
LDCalculator |
setLdModel(ILDModel ldModel)
设置计算的 LD 模型, 默认根据文件向型自动设置
|
LDCalculator |
setMaf(float maf)
设置次级等位基因频率
|
LDCalculator |
setMinR2(float minR2)
设置输出的最小 R^2
|
LDCalculator |
setThreads(int threads)
设置并行线程数
|
LDCalculator |
setWindowSizeBp(int windowSizeBp)
计算的窗口大小, 最大覆盖的 bp 长度
|
void |
submit()
提交 LD 计算, 输出到文件
|
java.lang.String |
toString() |
public static final int DEFAULT_WINDOW_SIZE_BP
public static final float DEFAULT_MAF
public static final float DEFAULT_MIN_R2
public static LDCalculator of(java.lang.Object gtbFileName) throws java.io.IOException
gtbFileName
- GTB 文件java.io.IOException
- IO 异常public static LDCalculator of(java.lang.Object gtbFileName, java.io.File outputFileName) throws java.io.IOException
gtbFileName
- GTB 文件outputFileName
- 输出文件java.io.IOException
- IO 异常public LDCalculator setLdModel(ILDModel ldModel)
ldModel
- LD 模型public LDCalculator setWindowSizeBp(int windowSizeBp)
windowSizeBp
- 最大 Bp 长度public LDCalculator setMaf(float maf)
maf
- 次级等位基因频率值public LDCalculator setMinR2(float minR2)
minR2
- 最小 R^2public LDCalculator setThreads(int threads)
setThreads
在类中 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable
threads
- 并行线程数public LDCalculator addVariantFilter(GTBFilter filter)
filter
- 位点过滤器public edu.sysu.pmglab.container.File getOutputFile()
public void submit() throws java.io.IOException
java.io.IOException
- IO 异常public java.lang.String toString()
toString
在类中 java.lang.Object