edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed

类 BEDGenotypes

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.bed.BEDGenotypes

所有已实现的接口:

IGenotypes, java.lang.Iterable<Genotype>

public class BEDGenotypes
extends java.lang.Object
implements IGenotypes

PLINK-BED 缓存基因型管理类 有关 BED 编码的细节详见: https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#bed

另请参阅:

基因型对象, 基因型对应的等位基因含义由 Variant 类定义, BEDReader

构造器概要

构造器

构造器和说明
BEDGenotypes(IGenotypes genotypes) 构造器方法, 将基因型对象编码为 BED 的基因型编码对象
BEDGenotypes(int genotypeNum, edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encodedSequence) 构造器方法, 从指定的编码流解析基因型

方法概要

限定符和类型	方法和说明
IGenotypes	asModifiable() 转为可变的基因型序列类型
IGenotypes	asUnmodifiable() 转为不可变的基因型序列类型
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode	encode() 基因型编码方法
edu.sysu.pmglab.container.ByteCode	encodeToBED()
int	getAC() 获取等位基因计数 (allele count) 非 .
int	getAN() 获取等位基因总数 (allele number) 非 .
Genotype	getGenotype(int genotypeIndex) 获取基因型
int	getGenotypeNum() 获取基因型总数
boolean	isModifiable() 当前基因型序列类型是否可修改的
boolean	isPhased() 基因型是否有向
IGenotypes	setGenotype(int genotypeIndex, Genotype genotype) 设置基因型
IGenotypes	toBiallelic(int refAlleleIndex, int altAlleleIndex) 转为二等位基因位点 指定的 refAlleleIndex 作为 0, altAlleleIndex 作为 1, 包含了其他值的基因型会被替换为 ./.
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.variant.genotype.IGenotypes

clear, format, format, getAC, getAF, getAF, getGenotypeCounts, getLeftGenotype, getLeftGenotypes, getMissingGenotypeNum, getRightGenotype, getRightGenotypes, isMissingGenotype, iterator, load, load, load, subGenotypes, subGenotypes, toPhased, toPhased, toUnPhased

从接口继承的方法 java.lang.Iterable

forEach, spliterator

构造器详细资料

BEDGenotypes

public BEDGenotypes(IGenotypes genotypes)

构造器方法, 将基因型对象编码为 BED 的基因型编码对象

参数:

genotypes - 基因型对象

BEDGenotypes

public BEDGenotypes(int genotypeNum,
                    edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encodedSequence)

构造器方法, 从指定的编码流解析基因型

参数:

genotypeNum - 基因型个数

encodedSequence - 基因型编码流

方法详细资料

isPhased

public boolean isPhased()

基因型是否有向

指定者:

isPhased 在接口中 IGenotypes

返回:

基因型是否有向

getGenotypeNum

public int getGenotypeNum()

获取基因型总数

指定者:

getGenotypeNum 在接口中 IGenotypes

返回:

基因型总数

getAC

public int getAC()

从接口复制的说明: IGenotypes

获取等位基因计数 (allele count) 非 . 和 非 0 基因型的总数

指定者:

getAC 在接口中 IGenotypes

返回:

等位基因计数

getAN

public int getAN()

从接口复制的说明: IGenotypes

获取等位基因总数 (allele number) 非 . 基因型的总数

指定者:

getAN 在接口中 IGenotypes

返回:

等位基因总数

getGenotype

public Genotype getGenotype(int genotypeIndex)

获取基因型

指定者:

getGenotype 在接口中 IGenotypes

参数:

genotypeIndex - 基因型索引

返回:

指定基因型索引的基因型

setGenotype

public IGenotypes setGenotype(int genotypeIndex,
                              Genotype genotype)

设置基因型

指定者:

setGenotype 在接口中 IGenotypes

参数:

genotypeIndex - 基因型索引

genotype - 基因型

返回:

本类

toBiallelic

public IGenotypes toBiallelic(int refAlleleIndex,
                              int altAlleleIndex)

从接口复制的说明: IGenotypes

转为二等位基因位点 指定的 refAlleleIndex 作为 0, altAlleleIndex 作为 1, 包含了其他值的基因型会被替换为 ./.

指定者:

toBiallelic 在接口中 IGenotypes

参数:

refAlleleIndex - 设置参考基因型的索引

altAlleleIndex - 设置替代基因型的索引

返回:

本类

encode

public edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encode()

从接口复制的说明: IGenotypes

基因型编码方法

指定者:

encode 在接口中 IGenotypes

返回:

本类

encodeToBED

public edu.sysu.pmglab.container.ByteCode encodeToBED()

asUnmodifiable

public IGenotypes asUnmodifiable()

从接口复制的说明: IGenotypes

转为不可变的基因型序列类型

指定者:

asUnmodifiable 在接口中 IGenotypes

返回:

不可变的基因型序列类型

asModifiable

public IGenotypes asModifiable()

从接口复制的说明: IGenotypes

转为可变的基因型序列类型

指定者:

asModifiable 在接口中 IGenotypes

返回:

可变的基因型序列类型

isModifiable

public boolean isModifiable()

从接口复制的说明: IGenotypes

当前基因型序列类型是否可修改的

指定者:

isModifiable 在接口中 IGenotypes

返回:

当前基因型序列类型是否可修改的

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object