public class BEDPartWriter
extends java.lang.Object
implements java.io.Closeable, java.lang.AutoCloseable
参考: https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#bed
构造器和说明 |
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BEDPartWriter(java.lang.String fileName,
int nThreads)
构造器方法
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限定符和类型 | 方法和说明 |
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void |
close()
关闭文件流
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static void |
generateFam(Individual[] individuals,
java.lang.String fileName)
生成 fam 文件
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static void |
generateFam(java.lang.String[] individualNames,
java.lang.String fileName)
生成 fam 文件
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BEDPartWriter |
write(Variant variant,
int threadIndex)
向指定线程写入器写入一个位点
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public BEDPartWriter(java.lang.String fileName, int nThreads) throws java.io.IOException
fileName
- 输出文件路径,不包含 .bed 和 .bim 扩展名nThreads
- 并行线程数java.io.IOException
- IO 异常public BEDPartWriter write(Variant variant, int threadIndex) throws java.io.IOException
variant
- 变异位点对象threadIndex
- 线程索引java.io.IOException
- IO 异常public static void generateFam(java.lang.String[] individualNames, java.lang.String fileName) throws java.io.IOException
individualNames
- 个体名fileName
- 输出文件路径, 不包含 .fam 扩展名,且必须为本地路径java.io.IOException
- IO 异常public static void generateFam(Individual[] individuals, java.lang.String fileName) throws java.io.IOException
individuals
- 个体名fileName
- 输出文件路径, 不包含 .fam 扩展名,且必须为本地路径java.io.IOException
- IO 异常public void close() throws java.io.IOException
close
在接口中 java.io.Closeable
close
在接口中 java.lang.AutoCloseable
java.io.IOException