edu.sysu.pmglab.gbc.annotation

类 CCFCoordinateDatabase

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateDatabase

所有已实现的接口:

java.lang.Iterable<java.lang.String>

public class CCFCoordinateDatabase
extends Database

具有坐标类型的数据库扫描方法 (CHROM, POS, 和多个 alleles 字段) 此数据库要求坐标是有序的 (类 GTB 结构, 但字段名可以不一致)

嵌套类概要

嵌套类

限定符和类型	类和说明
static class	CCFCoordinateDatabase.Reader CCF 数据库读取器

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

JAR_RESOURCE_PATH, WORKSPACE_RESOURCE_PATH

方法概要

限定符和类型	方法和说明
Database.Reader	instance() 实例化读取器对象
static CCFCoordinateDatabase	load(java.lang.Object database) 数据库构造器方法
static CCFCoordinateDatabase	load(java.lang.Object database, java.lang.Iterable<java.lang.String> loadInFields) 数据库构造器方法
CCFCoordinateDatabase	setAnnotateFunction(java.util.function.BiFunction<edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord>,Variant,java.lang.Boolean> annotateFunction) 数据库构造器方法
CCFCoordinateDatabase	setCoordinateFields(java.lang.String chromosomeField, java.lang.String positionField) 设置坐标识别的字段
CCFCoordinateDatabase	setIndexer(GTBIndexer indexer) 设置索引器
CCFCoordinateDatabase	setPositionType(PositionType type) 设置坐标系统类型 (默认为 1-based)

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

addAnnotateField, addAnnotateField, addAnnotateFields, addMeta, addMeta, getAnnotateFields, getFieldType, getMissingValue, getResourceFile, iterator, toString

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 java.lang.Iterable

forEach, spliterator

方法详细资料

load

public static CCFCoordinateDatabase load(java.lang.Object database)

数据库构造器方法

参数:

database - 数据库对象

返回:

CCF 坐标数据库实例

load

public static CCFCoordinateDatabase load(java.lang.Object database,
                                         java.lang.Iterable<java.lang.String> loadInFields)

数据库构造器方法

参数:

database - 数据库对象

loadInFields - 数据库载入的字段

返回:

CCF 坐标数据库实例

setIndexer

public CCFCoordinateDatabase setIndexer(GTBIndexer indexer)

设置索引器

参数:

indexer - GTB 索引器

返回:

本类

setAnnotateFunction

public CCFCoordinateDatabase setAnnotateFunction(java.util.function.BiFunction<edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord>,Variant,java.lang.Boolean> annotateFunction)

数据库构造器方法

参数:

annotateFunction - 匹配满足注释目标位点记录的函数

返回:

本类

setCoordinateFields

public CCFCoordinateDatabase setCoordinateFields(java.lang.String chromosomeField,
                                                 java.lang.String positionField)

设置坐标识别的字段

参数:

chromosomeField - 染色体识别字段

positionField - 坐标识别字段

返回:

本类

setPositionType

public CCFCoordinateDatabase setPositionType(PositionType type)

设置坐标系统类型 (默认为 1-based)

参数:

type - 坐标系统类型

返回:

本类

instance

public Database.Reader instance()
                         throws java.io.IOException

实例化读取器对象

指定者:

instance 在类中 Database

返回:

读取器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常