| 类 | 说明 |
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| CCFCoordinateDatabase |
具有坐标类型的数据库扫描方法 (CHROM, POS, 和多个 alleles 字段)
此数据库要求坐标是有序的 (类 GTB 结构, 但字段名可以不一致)
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| CCFCoordinateDatabase.Reader |
CCF 数据库读取器
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| CCFCoordinateRangeDatabase |
具有坐标范围类型的数据库扫描方法 (CHROM, POS_START, POS_END 字段)
此数据库要求坐标范围的起点 POS_START 是有序的 (类 GTB 结构)
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| CCFCoordinateRangeDatabase.Reader |
CCF 数据库读取器, 坐标范围不重叠
当坐标范围不重叠时, 左侧端点和右侧端点都是各自有序的, 此时可以使用右侧端点进行范围限制
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| CCFCoordinateRangeDatabase.ReaderWithOverlapInterval |
CCF 数据库读取器, 坐标范围可重叠
当坐标范围重叠时, [左侧区间, 右侧区间] 的所有左侧区间是有序的
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| CCFMapperDatabase |
具有复杂的坐标系统的 CCF 文件, 通过 recordMapper 将复杂坐标系统转为 variant 进行注释
此数据库要求坐标是有序的 (类 GTB 结构)
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| CCFMapperDatabase.Reader |
CCF 数据库读取器
它将 IRecord 对象包装为 Variant 对象进行注释
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| Database | |
| Database.Reader |
读取器抽象类
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| GTBAnnotator |
GTB 文件注释器
在这个方法中要求输入文件与输出文件不是同一个文件, 它采样 "额外注释" 策略分离两个文件, 适用于将基因型与注释数据分离的形式
此外, 在该方法中, 变异位点应该为二等位基因形式
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| GTBAppendAnnotator |
GTB 文件追加注释器
在该方法中, 变异位点应该为二等位基因形式, 否则可能无法正常注释
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| GTBDatabase |
GTB 协议数据库对象接口
文件具有 CHROM, POS 信息
该数据库的默认注释规则为筛选 CHROM, POS 一致的位点, 然后将 REF 和 ALT 完全一致的记录注释到位点中
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| GTBDatabase.Reader |
GTB 数据库读取器
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| 异常错误 | 说明 |
|---|---|
| DatabaseException |
数据库操作异常
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