edu.sysu.pmglab.gbc.annotation

类 CCFCoordinateRangeDatabase

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFCoordinateRangeDatabase

所有已实现的接口:

java.lang.Iterable<java.lang.String>

public class CCFCoordinateRangeDatabase
extends Database

具有坐标范围类型的数据库扫描方法 (CHROM, POS_START, POS_END 字段) 此数据库要求坐标范围的起点 POS_START 是有序的 (类 GTB 结构)

嵌套类概要

嵌套类

限定符和类型	类和说明
static class	CCFCoordinateRangeDatabase.Reader CCF 数据库读取器, 坐标范围不重叠 当坐标范围不重叠时, 左侧端点和右侧端点都是各自有序的, 此时可以使用右侧端点进行范围限制
static class	CCFCoordinateRangeDatabase.ReaderWithOverlapInterval CCF 数据库读取器, 坐标范围可重叠 当坐标范围重叠时, [左侧区间, 右侧区间] 的所有左侧区间是有序的

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

JAR_RESOURCE_PATH, WORKSPACE_RESOURCE_PATH

方法概要

限定符和类型	方法和说明
Database.Reader	instance() 实例化读取器对象
static CCFCoordinateRangeDatabase	load(java.lang.Object database) 数据库构造器方法
static CCFCoordinateRangeDatabase	load(java.lang.Object database, java.lang.Iterable<java.lang.String> loadInFields) 数据库构造器方法
CCFCoordinateRangeDatabase	setAnnotateFunction(java.util.function.BiFunction<edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord>,Variant,java.lang.Boolean> annotateFunction) 数据库构造器方法
CCFCoordinateRangeDatabase	setCoordinateFields(java.lang.String chromosomeField, java.lang.String positionStartField, java.lang.String positionEndField) 设置坐标识别的字段
CCFCoordinateRangeDatabase	setIndexer(GTBIndexer indexer) 设置索引器
CCFCoordinateRangeDatabase	setIntervalOverLaps(boolean intervalOverLaps) 设置区间是否重叠
CCFCoordinateRangeDatabase	setPositionType(PositionType type) 设置坐标系统类型 (默认为 0-based)

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

addAnnotateField, addAnnotateField, addAnnotateFields, addMeta, addMeta, getAnnotateFields, getFieldType, getMissingValue, getResourceFile, iterator, toString

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 java.lang.Iterable

forEach, spliterator

方法详细资料

load

public static CCFCoordinateRangeDatabase load(java.lang.Object database)

数据库构造器方法

参数:

database - 数据库对象

返回:

CCF 坐标范围数据库实例

load

public static CCFCoordinateRangeDatabase load(java.lang.Object database,
                                              java.lang.Iterable<java.lang.String> loadInFields)

数据库构造器方法

参数:

database - 数据库对象

loadInFields - 数据库载入的字段

返回:

CCF 坐标范围数据库实例

setIndexer

public CCFCoordinateRangeDatabase setIndexer(GTBIndexer indexer)

设置索引器

参数:

indexer - 索引器

返回:

本类

setAnnotateFunction

public CCFCoordinateRangeDatabase setAnnotateFunction(java.util.function.BiFunction<edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord>,Variant,java.lang.Boolean> annotateFunction)

数据库构造器方法

参数:

annotateFunction - 匹配满足注释目标位点记录的函数

返回:

本类

setCoordinateFields

public CCFCoordinateRangeDatabase setCoordinateFields(java.lang.String chromosomeField,
                                                      java.lang.String positionStartField,
                                                      java.lang.String positionEndField)

设置坐标识别的字段

参数:

chromosomeField - 染色体识别字段

positionStartField - 坐标起点识别字段

positionEndField - 坐标终点识别字段

返回:

本类

setPositionType

public CCFCoordinateRangeDatabase setPositionType(PositionType type)

设置坐标系统类型 (默认为 0-based)

参数:

type - 坐标系统类型

返回:

本类

setIntervalOverLaps

public CCFCoordinateRangeDatabase setIntervalOverLaps(boolean intervalOverLaps)

设置区间是否重叠

参数:

intervalOverLaps - 区间是否重叠

返回:

本类

instance

public Database.Reader instance()
                         throws java.io.IOException

实例化读取器对象

指定者:

instance 在类中 Database

返回:

读取器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常