edu.sysu.pmglab.gbc.annotation

类 CCFMapperDatabase

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.CCFMapperDatabase

所有已实现的接口:

java.lang.Iterable<java.lang.String>

public class CCFMapperDatabase
extends Database

具有复杂的坐标系统的 CCF 文件, 通过 recordMapper 将复杂坐标系统转为 variant 进行注释 此数据库要求坐标是有序的 (类 GTB 结构)

嵌套类概要

嵌套类

限定符和类型	类和说明
static class	CCFMapperDatabase.Reader CCF 数据库读取器 它将 IRecord 对象包装为 Variant 对象进行注释

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

JAR_RESOURCE_PATH, WORKSPACE_RESOURCE_PATH

方法概要

限定符和类型	方法和说明
Database.Reader	instance() 实例化读取器对象
static CCFMapperDatabase	load(java.lang.Object database) 数据库构造器方法
static CCFMapperDatabase	load(java.lang.Object database, java.lang.Iterable<java.lang.String> loadInFields) 数据库构造器方法
CCFMapperDatabase	mapRecordToVariant(java.util.function.Function<edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord,Variant> mapper) 映射记录到变异位点
CCFMapperDatabase	setAnnotateFunction(java.util.function.BiFunction<Variants,Variant,java.lang.Boolean> annotateFunction) 数据库构造器方法
CCFMapperDatabase	setIndexer(GTBIndexer indexer) 设置索引器

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.Database

addAnnotateField, addAnnotateField, addAnnotateFields, addMeta, addMeta, getAnnotateFields, getFieldType, getMissingValue, getResourceFile, iterator, toString

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 java.lang.Iterable

forEach, spliterator

方法详细资料

load

public static CCFMapperDatabase load(java.lang.Object database)

数据库构造器方法

参数:

database - 数据库对象

返回:

CCF 映射数据库

load

public static CCFMapperDatabase load(java.lang.Object database,
                                     java.lang.Iterable<java.lang.String> loadInFields)

数据库构造器方法

参数:

database - 数据库对象

loadInFields - 数据库载入的字段

返回:

CCF 映射数据库

setIndexer

public CCFMapperDatabase setIndexer(GTBIndexer indexer)

设置索引器

参数:

indexer - 索引器

返回:

本类

mapRecordToVariant

public CCFMapperDatabase mapRecordToVariant(java.util.function.Function<edu.sysu.pmglab.ccf.record.IRecord,Variant> mapper)

映射记录到变异位点

参数:

mapper - 映射器

返回:

本类

setAnnotateFunction

public CCFMapperDatabase setAnnotateFunction(java.util.function.BiFunction<Variants,Variant,java.lang.Boolean> annotateFunction)

数据库构造器方法

参数:

annotateFunction - 匹配满足注释目标位点记录的函数

返回:

本类

instance

public Database.Reader instance()
                         throws java.io.IOException

实例化读取器对象

指定者:

instance 在类中 Database

返回:

读取器对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常