edu.sysu.pmglab.gbc.variant

类 Variants

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.gbc.variant.Variants

所有已实现的接口:

java.lang.Comparable<Variants>, java.lang.Iterable<Variant>

public class Variants
extends java.lang.Object
implements java.lang.Comparable<Variants>, java.lang.Iterable<Variant>

基因组多位点对象 (具有相同坐标) 正链、1-based 坐标系统

另请参阅:

单位点, 染色体对象, 基因型对象管理器, 坐标类型, 本类中定义坐标类型为 1-based, 链方向, 本类中定义链方向为 FWD

构造器概要

构造器

构造器和说明
Variants(java.lang.Object chromosome, int position)

方法概要

限定符和类型	方法和说明
Variants	add(Variant variant) 添加新位点
Variants	addAll(java.lang.Iterable<Variant> variants) 添加新位点
Variants	clearProperty() 清空该位点的属性信息
int	compareTo(Variants o)
Variant	get(int index) 获取子位点
Chromosome	getChromosome()
int	getPosition()
int	getPosition(PositionType positionType)
PositionType	getPositionType() 获取坐标系统类型
java.lang.Object	getProperty(java.lang.Object key) 获取位点的指定属性值
Strand	getStrand() 获取链
java.util.Iterator<Variant>	iterator()
Variants	liftOver(LiftOver liftOver) 坐标版本转换
java.lang.Iterable<java.lang.Object>	propertyIterator()
Variants	setProperty(java.lang.Object key, java.lang.Object value) 设置位点属性值
int	size() 获取子位点个数
void	sort(java.util.Comparator<Variant> comparator) 对子位点进行排序
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

从接口继承的方法 java.lang.Iterable

forEach, spliterator

构造器详细资料

Variants

public Variants(java.lang.Object chromosome,
                int position)

参数:

chromosome - 染色体对象 (chromosome, int. string or bytecode)

position - 坐标 (要求为 1-based 和 FWD 的)

方法详细资料

add

public Variants add(Variant variant)

添加新位点

参数:

variant - 具有相同坐标的位点

返回:

本类

addAll

public Variants addAll(java.lang.Iterable<Variant> variants)

添加新位点

参数:

variants - 具有相同坐标的位点

返回:

本类

get

public Variant get(int index)

获取子位点

参数:

index - 子位点索引

返回:

子位点对象

size

public int size()

获取子位点个数

返回:

子位点个数

getPositionType

public PositionType getPositionType()

获取坐标系统类型

返回:

1-based

getStrand

public Strand getStrand()

获取链

返回:

正链

clearProperty

public Variants clearProperty()

清空该位点的属性信息

返回:

本类

setProperty

public Variants setProperty(java.lang.Object key,
                            java.lang.Object value)

设置位点属性值

参数:

key - 属性键

value - 属性值

返回:

本类

getProperty

public java.lang.Object getProperty(java.lang.Object key)

获取位点的指定属性值

参数:

key - 属性键

返回:

属性值

getChromosome

public Chromosome getChromosome()

返回:

染色体对象

getPosition

public int getPosition()

返回:

位置值

getPosition

public int getPosition(PositionType positionType)

参数:

positionType - 位置类型

返回:

位置值

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object

compareTo

public int compareTo(Variants o)

指定者:

compareTo 在接口中 java.lang.Comparable<Variants>

propertyIterator

public java.lang.Iterable<java.lang.Object> propertyIterator()

返回:

属性值迭代器

liftOver

public Variants liftOver(LiftOver liftOver)

坐标版本转换

参数:

liftOver - 参考基因组版本转换器

返回:

转换后的位点, 如果坐标不变, 则返回自身, 如果坐标改变, 返回改变后的对象, 如果不存在, 返回 null

iterator

public java.util.Iterator<Variant> iterator()

指定者:

iterator 在接口中 java.lang.Iterable<Variant>

sort

public void sort(java.util.Comparator<Variant> comparator)

对子位点进行排序

参数:

comparator - 排序器