edu.sysu.pmglab.gbc.annotation

类 GTBAppendAnnotator

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender

edu.sysu.pmglab.gbc.annotation.GTBAppendAnnotator

public class GTBAppendAnnotator
extends GTBAppender

GTB 文件追加注释器 在该方法中, 变异位点应该为二等位基因形式, 否则可能无法正常注释

另请参阅:

Database

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

AVAILABLE_PROCESSORS, INIT_THREADS

方法概要

限定符和类型	方法和说明
GTBAppendAnnotator	addDatabase(Database... databases) 添加注释数据库 添加一个注释数据库则默认将它的显式元信息添加到本类中
GTBAppendAnnotator	addDatabase(java.lang.Iterable<Database> databases) 添加注释数据库 添加一个注释数据库则默认将它的显式元信息添加到本类中
static GTBAppendAnnotator	of(java.lang.Object managerObject) 构造器方法, 使用追加数据模式
static GTBAppendAnnotator	of(java.lang.Object managerObject, java.io.File outputFile) 构造器方法
GTBManager	submit() 注释数据, 并返回结果 追加数据模式
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender

addField, addFields, addMeta, addMeta, addMeta, addValueConverter, addValueConverters, appendWith, getOutputFile, loadFields, loadFields, loadFields, loadGenotype, setOutputFile, setThreads

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addThreads, getThreads, reduceThreads, verify

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

方法详细资料

of

public static GTBAppendAnnotator of(java.lang.Object managerObject)

构造器方法, 使用追加数据模式

参数:

managerObject - 管理器对象

返回:

GTB 追加型注释器

of

public static GTBAppendAnnotator of(java.lang.Object managerObject,
                                    java.io.File outputFile)

构造器方法

参数:

managerObject - 管理器对象

outputFile - 输出文件对象

返回:

GTB 追加型注释器

addDatabase

public GTBAppendAnnotator addDatabase(java.lang.Iterable<Database> databases)

添加注释数据库

添加一个注释数据库则默认将它的显式元信息添加到本类中

参数:

databases - 数据库

返回:

本类

addDatabase

public GTBAppendAnnotator addDatabase(Database... databases)

添加注释数据库

添加一个注释数据库则默认将它的显式元信息添加到本类中

参数:

databases - 数据库

返回:

本类

submit

public GTBManager submit()
                  throws java.io.IOException

注释数据, 并返回结果 追加数据模式

覆盖:

submit 在类中 GTBAppender

返回:

注释后的数据类

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object