edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit

类 GTBAppender

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBAppender

直接已知子类:

GTBAppendAnnotator

public class GTBAppender
extends edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

GTB 列字段追加器, 该方法用于避免重写前面的信息

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

AVAILABLE_PROCESSORS, INIT_THREADS

方法概要

限定符和类型	方法和说明
GTBAppender	addField(java.lang.String fieldName, edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType fieldType) 添加字段或更改字段值类型
GTBAppender	addFields(java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType> fields) 添加字段或更改字段值类型
GTBAppender	addMeta(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode key, edu.sysu.pmglab.container.ByteCode value) 写入元信息
GTBAppender	addMeta(edu.sysu.pmglab.ccf.CCFMeta meta) 写入元信息
GTBAppender	addMeta(java.lang.String key, java.lang.String value) 写入元信息
GTBAppender	addValueConverter(java.util.function.Consumer<Variant> valueConverter) 添加值转换器
GTBAppender	addValueConverters(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<java.util.function.Consumer<Variant>> valueConverters) 添加多个值转换器
GTBManager	appendWith(java.lang.Object tableObject, boolean deleteWhenFinish) 连接具有相同行的数据表对象 请注意, 该方法不会检查公共键的关系, 使用此方法时请务必保证行顺序一致
edu.sysu.pmglab.container.File	getOutputFile() 获取输出文件对象
GTBAppender	loadFields(boolean loadFields) 设置加载的列字段
GTBAppender	loadFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> loadFields) 设置加载的列字段
GTBAppender	loadFields(java.lang.String[] loadFields) 设置加载的列字段
GTBAppender	loadGenotype(boolean loadGenotype) 设置是否加载基因型
static GTBAppender	of(java.lang.Object managerObject) 构造器方法
static GTBAppender	of(java.lang.Object managerObject, java.io.File outputFile) 构造器方法
GTBAppender	setOutputFile(java.io.File outputFile) 设置输出文件
GTBAppender	setThreads(int threads)
GTBManager	submit() 提交追加数据任务

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addThreads, getThreads, reduceThreads, verify

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

方法详细资料

addMeta

public GTBAppender addMeta(java.lang.String key,
                           java.lang.String value)

写入元信息

参数:

key - 元信息键

value - 元信息值

返回:

本类

addMeta

public GTBAppender addMeta(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode key,
                           edu.sysu.pmglab.container.ByteCode value)

写入元信息

参数:

key - 元信息键

value - 元信息值

返回:

本类

addMeta

public GTBAppender addMeta(edu.sysu.pmglab.ccf.CCFMeta meta)

写入元信息

参数:

meta - 元信息对象

返回:

本类

of

public static GTBAppender of(java.lang.Object managerObject)
                      throws java.io.IOException

构造器方法

参数:

managerObject - 管理器对象

返回:

GTB 文件追加器

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

of

public static GTBAppender of(java.lang.Object managerObject,
                             java.io.File outputFile)
                      throws java.io.IOException

构造器方法

参数:

managerObject - 管理器对象

outputFile - 输出文件对象

返回:

GTB 文件追加器

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

loadGenotype

public GTBAppender loadGenotype(boolean loadGenotype)

设置是否加载基因型

参数:

loadGenotype - 是否加载基因型

返回:

本类

loadFields

public GTBAppender loadFields(boolean loadFields)

设置加载的列字段

参数:

loadFields - 指定加载的列字段

返回:

本类

loadFields

public GTBAppender loadFields(java.lang.String[] loadFields)

设置加载的列字段

参数:

loadFields - 指定加载的列字段

返回:

本类

loadFields

public GTBAppender loadFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> loadFields)

设置加载的列字段

参数:

loadFields - 指定加载的列字段

返回:

本类

setOutputFile

public GTBAppender setOutputFile(java.io.File outputFile)

设置输出文件

参数:

outputFile - 输出文件

返回:

本类

getOutputFile

public edu.sysu.pmglab.container.File getOutputFile()

获取输出文件对象

返回:

输出文件

addField

public GTBAppender addField(java.lang.String fieldName,
                            edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType fieldType)

添加字段或更改字段值类型

参数:

fieldName - 字段名

fieldType - 字段类型

返回:

本类

addFields

public GTBAppender addFields(java.util.Map<java.lang.String,edu.sysu.pmglab.ccf.FieldType> fields)

添加字段或更改字段值类型

参数:

fields - 字段名及其类型

返回:

本类

addValueConverter

public GTBAppender addValueConverter(java.util.function.Consumer<Variant> valueConverter)

添加值转换器

参数:

valueConverter - 值转换器

返回:

本类

addValueConverters

public GTBAppender addValueConverters(edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<java.util.function.Consumer<Variant>> valueConverters)

添加多个值转换器

参数:

valueConverters - 值转换器

返回:

本类

setThreads

public GTBAppender setThreads(int threads)

覆盖:

setThreads 在类中 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

submit

public GTBManager submit()
                  throws java.io.IOException

提交追加数据任务

返回:

追加完成的数据文件对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常

appendWith

public GTBManager appendWith(java.lang.Object tableObject,
                             boolean deleteWhenFinish)
                      throws java.io.IOException

连接具有相同行的数据表对象 请注意, 该方法不会检查公共键的关系, 使用此方法时请务必保证行顺序一致

参数:

tableObject - 数据表对象 (可以是 GTB/CCF 等格式)

deleteWhenFinish - 当运行结束时删除输入文件

返回:

连接后生成的文件数据表对象

抛出:

java.io.IOException - 文件读取过程中产生的 IO 异常 (包括占用、指针异常、不存在等)