edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit

类 GTBSplitter

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBSplitter

public class GTBSplitter
extends GTBEditor

GTB 文件切割器

将文件按照一定的规则切割为几个小部份

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

AVAILABLE_PROCESSORS, INIT_THREADS

方法概要

限定符和类型	方法和说明
static GTBSplitter	of(java.lang.Object manager) 构造器方法
static GTBSplitter	of(java.lang.Object manager, java.io.File outputDir) 构造器方法
java.util.Map<Chromosome,GTBManager>	splitByChromosome(java.util.Set<Chromosome> chromosomes) 按照染色体进行分裂文件
edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<java.util.Map.Entry<edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long>,GTBManager>>	splitByVariantNum(long variantNum) 按照位点数量进行分裂文件
GTBManager	submit() 已过时。
java.lang.String	toString()

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

addField, addFields, addFields, addMeta, addMeta, addMeta, addVariantFilter, clearFields, clearMeta, dropDuplicationMeta, getManager, getOutputFile, loadGenotype, renameField, renameFields, renameSubject, renameSubjects, renameSubjects, setFormat, setOutputFile, setThreads

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addThreads, getThreads, reduceThreads, verify

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

方法详细资料

of

public static GTBSplitter of(java.lang.Object manager)

构造器方法

参数:

manager - 文件管理器

返回:

本类

of

public static GTBSplitter of(java.lang.Object manager,
                             java.io.File outputDir)

构造器方法

参数:

manager - 文件管理器

outputDir - 输出文件夹

返回:

本类

submit

@Deprecated
public GTBManager submit()

已过时。

从类复制的说明: GTBEditor

提交计算任务, 需要子类进行实现

指定者:

submit 在类中 GTBEditor

返回:

计算完成的任务对象

splitByChromosome

public java.util.Map<Chromosome,GTBManager> splitByChromosome(java.util.Set<Chromosome> chromosomes)

按照染色体进行分裂文件

参数:

chromosomes - 染色体列表, null 时切割所有的染色体

返回:

切割后的染色体-子文件 Map

splitByVariantNum

public edu.sysu.pmglab.container.array.BaseArray<java.util.Map.Entry<edu.sysu.pmglab.container.Interval<java.lang.Long>,GTBManager>> splitByVariantNum(long variantNum)

按照位点数量进行分裂文件

参数:

variantNum - 位点数量

返回:

输出路径

toString

public java.lang.String toString()

覆盖:

toString 在类中 java.lang.Object