edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit

类 GTBEditor

java.lang.Object

edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

edu.sysu.pmglab.gbc.toolkit.GTBEditor

直接已知子类:

GTBAnnotator, GTBExporter, GTBSorter, GTBSplitter, TSVExporter, VCFExporter

public abstract class GTBEditor
extends edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

GTB 文件编辑器模版类

字段概要

从类继承的字段 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

AVAILABLE_PROCESSORS, INIT_THREADS

方法概要

限定符和类型	方法和说明
GTBEditor	addField(java.lang.String fieldName) 添加筛选字段
GTBEditor	addFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> fieldNames) 添加筛选字段
GTBEditor	addFields(java.lang.String... fieldNames) 添加筛选字段
GTBEditor	addMeta(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode key, edu.sysu.pmglab.container.ByteCode value) 写入元信息
GTBEditor	addMeta(edu.sysu.pmglab.ccf.CCFMeta meta) 写入元信息
GTBEditor	addMeta(java.lang.String key, java.lang.String value) 写入元信息
GTBEditor	addVariantFilter(GTBFilter filter) 设置位点过滤器
GTBEditor	clearFields() 清除选定的字段
GTBEditor	clearMeta() 清除所有的元信息
GTBEditor	dropDuplicationMeta() 去除重复的元信息
GTBManager	getManager() 获取文件管理器
edu.sysu.pmglab.container.File	getOutputFile() 获取输出文件对象
GTBEditor	loadGenotype(boolean loadGenotype) 设置是否加载基因型数据
GTBEditor	renameField(java.lang.String oldFieldName, java.lang.String newFieldName) 重设字段名
GTBEditor	renameFields(java.util.Map<java.lang.String,java.lang.String> fields) 重设字段名
GTBEditor	renameSubject(java.lang.String oldSubjectName, java.lang.String newSubjectName) 重命名样本
GTBEditor	renameSubjects(java.util.Map<java.lang.String,java.lang.String> subjects) 重设样本序列
GTBEditor	renameSubjects(java.lang.String prefix, java.lang.String suffix, int begin) 重设样本序列
GTBEditor	setFormat(GTBFormat format) 设置 GTB 文件格式
GTBEditor	setOutputFile(java.io.File outputFile) 设置输出文件
GTBEditor	setThreads(int threads)
abstract GTBManager	submit() 提交计算任务, 需要子类进行实现

从类继承的方法 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

addThreads, getThreads, reduceThreads, verify

从类继承的方法 java.lang.Object

equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

方法详细资料

addField

public GTBEditor addField(java.lang.String fieldName)

添加筛选字段

参数:

fieldName - 字段名

返回:

本类

addFields

public GTBEditor addFields(java.lang.String... fieldNames)

添加筛选字段

参数:

fieldNames - 字段名

返回:

本类

addFields

public GTBEditor addFields(java.lang.Iterable<java.lang.String> fieldNames)

添加筛选字段

参数:

fieldNames - 字段名

返回:

本类

clearFields

public GTBEditor clearFields()

清除选定的字段

返回:

本类

renameSubject

public GTBEditor renameSubject(java.lang.String oldSubjectName,
                               java.lang.String newSubjectName)

重命名样本

参数:

oldSubjectName - 旧样本名

newSubjectName - 新样本名

返回:

本类

renameSubjects

public GTBEditor renameSubjects(java.lang.String prefix,
                                java.lang.String suffix,
                                int begin)

重设样本序列

参数:

prefix - 前缀符

suffix - 后缀符

begin - 编号起点

返回:

本类

renameSubjects

public GTBEditor renameSubjects(java.util.Map<java.lang.String,java.lang.String> subjects)

重设样本序列

参数:

subjects - 样本名映射

返回:

本类

renameField

public GTBEditor renameField(java.lang.String oldFieldName,
                             java.lang.String newFieldName)

重设字段名

参数:

oldFieldName - 旧字段名

newFieldName - 新字段名

返回:

本类

renameFields

public GTBEditor renameFields(java.util.Map<java.lang.String,java.lang.String> fields)

重设字段名

参数:

fields - 字段名映射

返回:

本类

loadGenotype

public GTBEditor loadGenotype(boolean loadGenotype)

设置是否加载基因型数据

参数:

loadGenotype - 加载基因型数据

返回:

本类

addMeta

public GTBEditor addMeta(java.lang.String key,
                         java.lang.String value)

写入元信息

参数:

key - 元信息键

value - 元信息值

返回:

本类

addMeta

public GTBEditor addMeta(edu.sysu.pmglab.container.ByteCode key,
                         edu.sysu.pmglab.container.ByteCode value)

写入元信息

参数:

key - 元信息键

value - 元信息值

返回:

本类

addMeta

public GTBEditor addMeta(edu.sysu.pmglab.ccf.CCFMeta meta)

写入元信息

参数:

meta - 元信息对象

返回:

本类

clearMeta

public GTBEditor clearMeta()

清除所有的元信息

返回:

本类

dropDuplicationMeta

public GTBEditor dropDuplicationMeta()

去除重复的元信息

返回:

本类

addVariantFilter

public GTBEditor addVariantFilter(GTBFilter filter)

设置位点过滤器

参数:

filter - 位点过滤器

返回:

本类

setOutputFile

public GTBEditor setOutputFile(java.io.File outputFile)

设置输出文件

参数:

outputFile - 输出文件

返回:

本类

getOutputFile

public edu.sysu.pmglab.container.File getOutputFile()

获取输出文件对象

返回:

输出文件

setThreads

public GTBEditor setThreads(int threads)

覆盖:

setThreads 在类中 edu.sysu.pmglab.easytools.Parallelizable

setFormat

public GTBEditor setFormat(GTBFormat format)

设置 GTB 文件格式

参数:

format - GTB 文件格式

返回:

本类

getManager

public GTBManager getManager()

获取文件管理器

返回:

文件管理器对象

submit

public abstract GTBManager submit()
                           throws java.io.IOException

提交计算任务, 需要子类进行实现

返回:

计算完成的任务对象

抛出:

java.io.IOException - IO 异常